魔法系统是英雄无敌3中的重要组成部分，升级主要体现在魔法等级和魔法熟练度两个方面。在战斗中，英雄可以通过读取各种魔法书、学习各种技能、使用魔法剑或者通过各种事件的触发，使自己掌握更多的魔法，提高魔法的等级和熟练度。
英雄学习魔法的等级是由“智力”属性决定的，同时也会受到英雄所属阵营的影响。派系之中魔法派系的英雄最容易得到升级魔法等级的机会，比如塔派、地牢派等。每一个英雄的初始智力都是基础的1点，每提升1点智力，英雄就能增加1个魔法等级。英雄的智力可以通过击败敌人，获取经验值提升或者在冒险图上发现的文物和遗迹获得提升。可以通过在冒险地图上找到魔法小屋，或者在城镇的魔法学院里学习魔法，然后使用这些魔法书，使自己的魔法等级提升。
每个英雄都有四个技能槽，这四个技能槽决定了英雄的战斗风格和策略方向。出生的时候，英雄会自带两个基本技能，其中之一就是“魔法熟练度”，这个技能决定了英雄能学习和使用的魔法数量。“魔法熟练度”技能分为四个等级，从低到高分别是：初级、中级、高级和专家级。每提升一个技能等级，英雄能学习和使用的魔法数量都会提升一个级别。选择魔法型英雄，通常他们的智力成长会更高，更适合快速提升魔法等级。经验值的获得，要看准时机，尽量在英雄智力属性低的时候获取，以便获得更多的智力提升。为了防止魔法书被敌人夺走，尽量在有安全掩护的情况下学习魔法。
