《第二银河》主要分为6章节，每个章节都描绘了玩家在充满敌意的银河系中生存下去的斗争，《第二银河》的第一章开始时，玩家来到一个由一群星星组成的恶魔星系。作为新的领导者，玩家需要开始建设自己的基地，训练军队，探索科技，并且立即面临了一系列挑战，在这个阶段，玩家需要管理资源，保持种族的和平，以及对抗外星生物和其他敌对帝国的侵略。
章节一：内外压力
在第二章，玩家面临的挑战加大，既要应对外界敌人的威胁，又要解决内部的动荡，玩家需要扩大自己的领土，进军临近星系，扫清敌人，占领资源点。另基地内部因为资源短缺、人口过多、疾病肆虐等各种原因开始产生冲突。
章节二：星际政治
第三章引入了新的元素--星际政治，玩家不仅需要管理自己的领地，还需要处理和其他种族的关系。通过外交手段，挑选盟友，结盟抗敌，或者激化敌对势力之间的矛盾，让他们自相残杀，以此来达到自己的目标。
章节三：科技革命
科技是拓展自己领地、增强军力的重要途径，在第四章，玩家要全力发展科技，以获取先进的武器装备、建筑设计，甚至能够改变游戏规则的黑科技。但是玩家也要注意，高层次的科技也有可能引发不可预知的危机。
章节四：灾变时刻
在科技飞速发展的恶魔星系也发生了巨变，由于无法预知的原因，星球上的资源短缺到了紧张的地步，附近的星系也全都出现了大规模的敌对势力活动。玩家需要合理利用残余资源，扩大领地，增强战力，以应对前所未有的危机。
章节五：新未来
在过去的五个章节中，玩家克服了种种难关，现在，真正的挑战即将来临，将要进入到游戏的最后一章，玩家将要面临更难的挑战和选择。玩家需要决定自己的道路：是成为和平的商人，是成为暴力的征服者，还是决定成为智慧的科技狂人？这一章，会使你的选择与决定影响整个银河系的未来。
《第二银河》是一个深度策略的游戏，无论从哪个角度看，都具备丰富的策略层次和巨大的可玩性，每一章节都带有不同的挑战和故事，透过游戏，你可以体验到生存、战争、探索、外交、科技等多个方面的策略元素，让你彻底沉浸在这个丰富多彩的科幻世界中。
