《命令与征服：泰伯利亚》的设定在未来的年代，当一个名为泰伯利亚的陨石坠落在地球上后，全球突然陷入了一场前所未有的混乱。查出陨石含有极高能量的泰伯利亚晶体后，人类尝试以这科技使用。泰伯利亚晶体不仅是一种能源，还拥有改变生物基本特性的可能。两大力量为了争夺这种神秘资源而陷入了长时间的战争。
一方面是具备世界性影响力的全球防卫倡议(GDI)，他们承载着保护世界和平、防止技术滥用的使命，力图防止恐怖势力得到泰伯利亚晶体。另一个名为“兄弟会”的神秘团队持有另一种观点，他们深信泰伯利亚晶体是神给予人类的礼物，有潜力让人类突破生命局限，达到超越的境界。他们对强大无比的兄弟会首领凯恩信仰深厚，在他的指引下，决心不惜一切代价夺得泰伯利亚晶体，并将它们用于人体实验，进化成强大的超凡力量。
与此泰伯利亚晶体却对地球环境产生了剧烈的影响，使得许多地区变成了荒芜的废墟，同时还诞生了一种可怕的异形生物。这个突如其来的灾难让全球防御倡议和“兄弟会”的争斗陷入了更为混乱的局势。
这款游戏的故事情节被设定为两个不同的篇章，玩家可以选择支持全球防卫倡议，或者选择加入“兄弟会”进行游戏。不同章节的游戏将会有完全不同的任务和情节，其复杂且引人发问的剧情设置，让玩家得以从不同的角度去了解这场战争的全貌。
《命令与征服：泰伯利亚》将军事战争的残酷现实和科幻设定结合得趋近完美，让玩家在操作小兵激战的更是对各自选择的阵营产生了深深的认同感和责任感。深邃的故事背景，复杂的势力斗争，独特的科技设定，都让这款游戏在军事战略游戏领域独树一帜，成为了不朽的经典之作。
