倭寇入侵大致可以分为两个阶段，先是流民为主，在明朝中期。后是日本幕府政府为主，在明朝后期。
日本从汉唐开始，本来是事事师中国的。日本有天皇替天皇世代戍守边疆的是幕府将军。幕府将军逐渐成为政权的实际掌握者。
等到蒙古入侵时，日本便闭关锁国起来。所以日本自元朝后都隔断了和中国的政治经济往来。只有一些日本流民才敢冒险和中国通商。
元明间由于政府没有专设的通商贸易机构，便成了黑市交易。于是被压榨的一方，渐渐沦落到劫掠为主。这就是明中期的倭寇行为了。
16世纪，明后期，将军丰臣秀吉一统日本，要把各类军阀放逐出本国，于是借口发起战争。这样就有了明朝入朝鲜与日本作战的历史。
明朝的倭寇本质上是一种民间行为。无政府状态下的一种混乱。
