两个原因
一个是隆庆元年明朝取消部分海禁（之前嘉靖二年争贡之役阻断明日正常贸易）
一个是隆万年间日本战国时代接近尾声（万历十八年丰臣秀吉统一日本之后便有抗倭援朝战争）
总而言之隆万时期明朝内部出现秩序维持、政策的改变，放宽海禁（高拱张居正执政时期修正了不少嘉靖的做法），而日本也趋于统一倭寇从原来浪人与中国海盗的勾结变成了日本政府的国家行为因而倭患基本消除（之后抗倭援朝是战争，与之前倭寇的骚扰侵袭不是一个概念）。
诚然战士的勇猛善战也是一个方面但我认为以上是倭乱被解决的关键原因。说白了便是釜底抽薪而不是一味的镇压
以上纯属手打条理不太清晰见谅
