早在朱元璋时期就有小股倭寇流窜于我国东南沿海，洪武30年的《大明律》中就有针对倭寇的处罚。所以在靖难之役时，是有倭寇的，但规模较小。而据史载有人谣传建文帝失踪是受到了倭寇的帮助，所以明成祖晚年实行“海禁”政策，打击倭寇。
至于两强交锋，那到是具有一定的可比性。倭寇最严重时在明朝中期，大多数人参加过日本的战国混战，作战经验丰富。又通过与荷兰人的交易拥有大量三眼鸟铳，火力之强，甚至超过同时期明军大多数部队。加上内部有大量中国海盗，对沿海一带十分熟悉。而朱棣久居北方，所辖精锐以骑兵为主，作战经验丰富，机动力强，但火力不强，在山东，河北与装备大量火器的明军政府军拉锯时就吃了大亏。打南京也是完全的冒险，他是绕过几十万明军的层层防御，避实击虚才下南京。
两军如果在江南地区遭遇，那倭寇的枪阵很有可能成为朱棣的噩梦，因为在这种地形下很不利于骑兵的展开，倒是容易成为对手的靶子。当然如果朱棣能用计使倭寇分散兵力，那他的骑兵就可以凭借速度将倭寇截为数段，同时大大减少倭寇密集火器的杀伤性。两军如果是在华北旷野交战，那朱棣的骑兵优势就很明显，可以采用两翼突袭或两翼诱敌，中间突破或层层袭扰或前后夹击等多种战术破倭寇，这些都是骑兵的拿手好戏。一旦短兵相接，就是快刀斩乱麻了。
因此总体来说朱棣的军队优势更大。毕竟在18,19世纪军事改革以前，骑兵是所有步兵的噩梦。
