刚进入游戏后，玩家会收到一封来自于霍格沃茨魔法学院的录取通知书，需要乘上霍格沃茨的特快前往未知的学院。正式入院后会开始分院仪式，游戏中一共有四大学院，分别为：格兰芬多、赫奇帕奇、拉文克劳、斯莱特林，而且每一个学院所擅长的魔法都是不一样的。
《哈利波特：魔法觉醒》的游戏故事时间设定在霍格沃茨大战十年之后，此时的校长是米勒娃·麦格教授。玩家将作为一年级新生进入霍格沃茨魔法学校进行学习。从收到录取通知书、去对角巷购买长袍和魔杖、到礼堂参加分院仪式，玩家在《哈利波特：魔法觉醒》中能够深度体验霍格沃茨入学之旅。
