以下是目前小智拥有和过去曾经拥有的全部小精灵。
OP中捕捉的小精灵
【关东联盟】
◆皮卡丘♂（OP第001话）
属性：电气
特性：静电
简介：小智最初的伙伴，具有顽强的性格，不愿意进入神奇宝贝球也不愿进化，起初与小智并不友好，在与烈雀的战斗中和小智建立了坚不可摧的友情。最初在EP001中出现，曾弄坏前三部女主角的自行车。在之前的战斗中曾战胜与战平于雷吉艾斯和拉帝欧斯两只神兽，实力出众。在原BW023~024话在与火箭队和等离子团对战中，皮卡丘的新技能崭露头角。
◆妙蛙种子♂（OP第010话）
属性：草+毒
特性：茂盛
简介：小智在OP010中得到的神奇宝贝，是继皮卡丘后在小智手上最久的神奇宝贝。在不思议花园中，拒绝了进化。在OP226中，妙蛙种子回到了真新镇成为维持周边神奇宝贝和谐相处的守护者。之后更曾参加城都联盟和对战开拓区的比赛。不论是对战还是关系交往都非常有经验。
◆小火龙♂（OP第011话）→火恐龙♂（OP第042话）→喷火龙♂（OP第045话）【OP第135话受训】
属性：火炎→火炎→火炎+飞行
特性：猛火
简介：小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，OP16中小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍。在OP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后火恐龙开始有些不听话，在OP045中，为了与化石翼龙决斗,火恐龙强迫自己进化成了喷火龙。随后喷火龙便不再听从小智，在OP106曾经在橘子群岛被冰冻，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在OP135中，为了让喷火龙更好的修行，并让它成为全世界最强的喷火龙,小智将它留在了喷火龙山谷。其后在烟墨道馆快龙暴走事件及道馆比赛、城都联盟白银大会、对战工厂的比赛和对战金字塔的比赛中，喷火龙都有出现，并发挥了重要作用。曾在对战开拓区顽强战胜三圣鸟之一的急冻鸟。
◆杰尼龟♂（OP第012话）【OP第148话安置】
属性：水
特性：激流
简介：它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在OP012中被小智收服。以它为首杰尼龟消防队曾经制造过许多麻烦，后来从良成为杰尼龟消防队。在OP148的神奇宝贝消防大赛中，遇上杰尼龟消防队，之后便返回队中。之后曾经回来参加城都联盟和对战开拓区的比赛。
◆大钳蟹（OP第013话）→巨钳蟹（OP第076话）
属性：水
特性：怪力剪刀/贝壳盔甲
简介：小智在OP013收服的第七只神奇宝贝，一收服就被传送回大木博士研究所，个头要比小茂的大钳蟹小得多。在OP076中因打倒多武的椰蛋树太兴奋进化成为巨钳蟹。
◆臭臭泥（OP第030话）
属性：毒
特性：恶臭/黏着
简介：在OP030之前是破坏发电厂的臭泥首领。小智收服它后，经常和大木博士及其他人黏在一起。喜欢压住其他人和神奇宝贝。参加过石英联盟、城都联盟的比赛。
◆肯泰罗♂×30（OP第035话）
属性：普通
特性：愤怒穴道/威吓
简介：在OP035中野生原野区收服的神奇宝贝，有30只，喜欢快速奔跑，发飙的时候无人能挡。参加过橘子联盟、城都联盟与对战开拓区的比赛。
◆火爆猴（OP第025话）【OP第029话安置】
属性：格斗
特性：愤怒穴道/元气
简介：OP025，小智初次遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智用各式各样的方法,但不成功。其后火箭队的小次郎用脚把猴怪踢得很远,其后猴怪突然进化成火爆猴,为了追回帽子,小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在OP029的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。
【橘子联盟】
◆卡比兽（OP第095话）
属性：普通
特性：免疫/肥脂
简介：小智在OP095中收服的大胃王，非常特别，是一只懂得游泳而且速度亦比同类快的卡比兽。在橘子联盟决赛之前，卡比兽一睡不起，结果小智将它跟一只肯泰罗交换，往后就留在了大木研究所。后来它参加过城都地区的神奇宝贝相扑大会，并获得优胜，结果一下子吃光了奖品一年的食物。后来卡比兽还参加过城都联盟道馆比赛及白银大会、挑战对战开拓区的比赛和神奥联盟比赛。
【城都联盟】
◆赫拉克罗斯（OP第120话）
属性：虫+格斗
特性：毅力/预感
简介：小智在OP120收服的神奇宝贝，小霞不讨厌的虫神奇宝贝之一，喜欢吸食树枝和妙娃种子身上树汁，多次参加道馆赛和联盟比赛，之后在OP147中因为小智要参加肯泰罗对打大赛而被传送回大木博士研究所中。后来还参加对战开拓区的比赛和神奥联盟比赛。
◆菊草叶（OP第127话）→月桂叶♀（OP第200话）
属性：草
特性：茂盛
简介：在OP127小智收服的神奇宝贝，它特别喜欢小智，并妒忌皮卡丘总是能够生活在神奇宝贝球以外。在OP200中逃脱火箭队后进化成了月桂叶。在前往丰缘时小智将月桂叶留在了大木研究所。
◆火球鼠（OP第142话）→火岩鼠（DP第182话）
属性：火炎
特性：猛火
简介：在OP142中与一名训练家比赛后，被小智收服。刚开始的时候，火球鼠的火焰技能锻炼地并不好。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。在DP182小智的神奇宝贝大集合一集中，面临被火箭队捕捉危险时，进化成火岩鼠。进化后在神奥联盟也有出场。
◆小锯鳄♂（OP第152话）
属性：水
特性：激流
简介：在OP152中，小智与小霞同时扔出了诱饵球收服了一只小锯鳄，小智通过神奇宝贝战斗战胜小霞得到了小锯鳄。它十分喜欢跳舞，而且他的跳舞有助于战斗。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
◆猫头夜鹰（闪光）（OP第155话）
属性：普通+飞行
特性：失眠/锐利目光
简介：在OP155中收服的神奇宝贝，具有异样的颜色，是罕见的闪光神奇宝贝，智商非常高，小智收服它时已经十分吃力。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。参加过成都联盟和神奥联盟。
◆小小象（OP第231话出生）→顿甲（AG第153话）
属性：地面
特性：捡拾→结实
简介：在OP229的神奇宝贝劲速赛获得优胜后，小智得到了小小象的蛋，它十分喜欢玩耍。前往丰缘地方时，小智将它留在了大木博士的研究所。在对战开拓区的旅行中，小小象又回到了小智的队伍。AG153中为了从火箭队手里救出皮卡丘进化成为顿甲，在前往神奥地区时小智再度将它留在了大木研究所。后亦参加了神奥联盟。
【丰缘联盟】
◆傲骨燕（AG第004话）→大王燕（AG第080话）
属性：普通+飞行
特性：毅力
简介：原先是傲骨燕群的首领，非常有骨气，与小智的性格很呼应。AG004中偷走小智一行人的食物并与小智战斗，最终被小智收服。在AG080的神奇圆环比赛中进化成大王燕并取得优胜，在丰缘大赛中表现出色，在前往神奥地区时小智将它留在了大木研究所，神奥联盟当中也有出场。
◆木守宫♂（AG第007话）→森林蜥蜴♂（AG第066话）→蜥蜴王♂（AG第161话）
属性：草
特性：茂盛
简介：原先是巨大树上生活的一群木守宫之一，AG007中小智与它一同保护巨大树并与它战斗，后来将它收服。它有些叛逆且总是嘴里叼着一个树枝。在AG066与吼爆弹的战斗中它进化成为森林蜥蜴。进化后它喜欢独自静静地坐在一个地方。AG161中保护喜爱的大菊花时进化成为蜥蜴王，而后丧失了一切技能。在恢复后蜥蜴王变得十分强大，在前往神奥小智将它留在大木研究所。DP189再次登场，打败了强敌的达克莱伊。
◆龙虾小兵（AG第023话）
属性：水
特性：怪力剪刀/贝壳盔甲
简介：AG023中以海边的捣蛋鬼登场，在小智发现并与之战斗后收服了它。龙虾小兵很有个性，并有一点嫉妒之心，在前往神奥地方时小智将它留在大木研究所。
◆煤炭龟（AG第058话）
属性：火炎
特性：烟雾
简介：在AG058中，煤炭龟被一群钢系神奇宝贝袭击，小智指导他打败了大钢蛇。煤炭龟无论是高兴还是悲伤总喜欢大哭。在AG132中小智将它留在大木博士的研究所。对战金字塔时和神奥联盟也出场过。神奥联盟半决赛时再次登场却被达克莱伊的恶波动一击打败。
◆雪童子（AG第108话）→冰鬼护（AG第122话）
属性：冰
特性：冰冻身体/精神力
简介：在AG108中，伊扎贝岛的一只雪童子偷走了小智的徽章盒，在暴风雪中小智拼命保护雪童子，后来加入了小智的队伍。小智不断训练它急冻光线，在AG122的一次训练成功后，它进化成为冰鬼护。在AG132中，小智将它留在大木博士的研究所。
【神奥联盟】
◆姆克儿（DP第002话）→姆克鸟（DP第013话）→姆克鹰♂（DP第118话）
属性：普通+飞行
特性：锐利目光→威吓
简介：在DP002中首度出现，在寻找皮卡丘的时候，长尾怪手意外伤害了一只姆克儿，因此愤怒的姆克儿袭击了长尾怪手。被小智收服后，它也加入了寻找皮卡丘的行列。DP013中，姆克儿保护了森林中的飞行神奇宝贝，进化成了姆克鸟。在DP0118话中，小智和姆克鸟参加了神奇宝贝圆环大赛，在与真司的对决中进化为姆克鹰并学会近身打。DP183中，战胜尚志的罗丝雷朵。
◆草苗龟（DP第005话）→树林龟（DP第100话）→土台龟（DP第166话）
属性：草→草→草+地面
特性：茂盛
简介：在DP005中首度出现,并帮手救了被火箭兵团抓走了的皮卡丘.小智从老婆婆幸乃口中知道了草苗龟的事情,於是在皮卡丘回来的时候,小智在幸乃的提议下收服了草苗龟。在DP100中于真司的乌鸦头头交手时进化，但是却因为无法使用以前战斗方式而苦恼，当天晚上真司的土台龟教授了新的作战方式。在DP166中，小智派出树林龟迎战火箭队，在与火箭队对战过程中进化成土台龟，并学会叶风暴。
◆小火猴（DP第051话）→猛火猴（DP第132话）→烈焰猴（DP第163话）
属性：火炎→火炎+格斗→火炎+格斗
特性：猛火
简介：原本是真司的神奇宝贝。在DP050中,小智和真司建立起搭档关系分别使用皮卡丘和小火猴参加双人合作赛大会。在DP051中，小智和真司晋级了半决赛，可是，小火猴的战斗状态却怎么也调整不好，面对这种状况，真司很不满意，便把小火猴放生了。小智对小火猴说着‘一起旅行变强吧’，于是便将小火猴收服了。在DP052的总决赛，小智用小火猴参赛并获胜，得到安逸铃铛。其后在DP132与真司的战斗中，进化成猛火猴。DP163时再次进化为烈焰猴。DP179在道馆赛中终于控制住了猛火，打败了道馆训练家电磁。DP188激战真司的电击魔兽胜利，得到了真司的一句“烈焰猴，变强了呢”。
◆泳气鼬（DP第055话）
属性：水
特性：轻快
简介：在DP034中，小智一行人去河边钓鱼，碰到专门通过战斗抢走钓竿的泳气鼬，后被小光收服。在DP055中，由于喜欢神奇宝贝对战而和喜欢华丽大赛的长尾怪手进行交换，给了小智，能掌握冰之喷射水柱。DP159中经过神奇宝贝格斗家十郎的指导与小智的努力终于学会了急冻拳。
◆圆陆鲨（DP第157话）
属性：龙+地面
特性：沙里隐身
简介：在DP156中小智帮助了一只野生的圆陆鲨找到天龙流星的感觉。与圆陆鲨别离后，走到了城镇的小智一行，发现它跟过来了。小智发现那只圆陆鲨似乎喜欢自己，为了成为朋友，小智扔出了宝贝球获得了新的同伴。不过天龙流星经常打中小光的波加曼。神奥联盟中打败考平的壶壶和夜黑魔人，并真正学会天龙流星。
转交的神奇宝贝
◆天蝎（DP第064话）→天蝎王（DP第085话）【DP第154话寄放，DP第186集归队，参加联盟第四回战】
属性：地面+飞行
特性：怪力剪刀/沙里隐身
简介：在DP064中，因为喜欢小智所以跟小智一起去旅行,超级贪吃，多次都因为贪吃而落在队伍的最后面，但每次因为飞不好都一定摔到小智身上。在DP85中，天蝎变得不再惧怕战斗，因此小智使用了小茂给的锐利牙进行了进化。DP154中小智一行人看到了巨钳螳螂和风铃铃的空中战。在那里出现了巨钳螳螂的训练家密宗和他的孙女阿真，小智看到决定用天蝎王和密宗对战，第一次已失败告终，第二次在对战中，天蝎王学会了超极冲击，但还是战败了，密宗发现天蝎王很有潜质，就想训练天蝎王，小智最终也同意了把天蝎王放在密宗。在神奥联盟返回激战真司。在严格的训练下能掌握风的动向，使用超极冲击后可以立刻乘着爆炸所产生的风逃跑，弥补了超极冲击的副作用。
曾经拥有的神奇宝贝
◆绿毛虫♂（OP第003话）→铁甲蛹♂（OP第003话）→巴大蝴♂（OP第004话）【OP第021话野放】
属性：虫→虫→虫+飞行
特性：磷粉→脱皮→复眼
简介：在OP003时，小智第一个收服的神奇宝贝。它喜欢小霞但小霞却讨厌虫。在阻止火箭队的袭击中，它进化成了铁甲蛹。很快在OP004打败大针锋后进化成了巴大蝴。在OP021中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。
◆比比鸟（OP第003话）→比雕（OP第082话）【OP第082话野放】
属性：普通+飞行
特性：锐利目光/蹒跚步伐
简介：在OP003中，小智收服的第二只神奇宝贝，在关都地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。OP082中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群，并离开小智。
◆乘龙♂（OP第085话）【OP第114话野放】
属性：水+冰
特性：贝壳盔甲/蓄水
简介：OP085中，小智为了拯救它并使他和家人团聚而收服了它。乘龙帮助小智一行人在橘子群岛间旅行，并参加了道馆赛和橘子联盟胜利者杯的比赛。OP114中，小智将它送回了家人身边。OP258在城都联盟的旅行中，小智又一次遇到了乘龙,现在已成为乘龙群的队长。
◆长尾怪手♀（AG第181话）【DP第055话与小光泳气鼬交换】
属性：普通
特性：捡拾/逃走
简介：在AG178中偷走了小智的帽子与小遥的缎带纪念勋章盒，后来上演了多次恶作剧。在AG181中被小智收服。在AG191中，它决定跟随小智去神奥地方。在DP055中，由于喜欢华丽大赛而与喜欢神奇宝贝对战的小光的泳气鼬进行交换。后来因为喜爱神奇宝贝乒乓而离开小光（进化后）。目前正与小王选手在枯叶市的神奇宝贝乒乓训练中心。
◆大针蜂 在PM白银联盟162集抓虫大会收服【同集抓虫大会结束后赠送于喜欢黄黑条纹的少女奈奈】
属性：虫+毒
特性：预感
简介：目前唯一一只被收服后立刻被送给别人的PM。
◆鬼斯通OP23集
属性：幽灵+毒
特性：浮游
简介：OP23集在神奇宝贝塔收服【OP24集中它让沉溺于自我的娜姿找回快乐，并在战斗结束后自己决定留在金黄市道馆。】
【伊修联盟】（精灵名字和精灵数量以及联盟的名字都是暂时，没有定下来）
◆豆豆鸽♀（BW第002话）→波波鸽（BW第022话）
属性：一般+飞行
特性：鸠胸/强运
简介：在BW002中初次出现，是小智在合众地方收服的第一只神奇宝贝，在收服藤藤蛇时起到很大作用。BW018收服包衣蚕之后寄放在红豆杉博士处，BW021归队。在BW022话的百足蜈蚣暴走事件中进化成波波鸽。
◆水水獭♂（BW第003话）
属性：水
特性：激流
简介：从BW001已经出现，是红豆杉研究所里的新人用神奇宝贝之一。因为很喜欢小智，所以便偷偷跟随他，并在BW003被收服。虽然平时有点顽皮，又喜欢从神奇宝贝球里跑出来，但关键的时候却十分可靠聪明。擅长用胸前的贝壳抵挡攻击。喜欢艾莉丝的导电飞鼠。BW016虽习得喷射水柱，但由于在使出喷射水柱的时候眼睛闭着而没有掌握，直到在BW035习惯在水中睁开眼之后才熟练掌握，并用其一击击败高等级的野生音爆蟾蜍。
◆暖暖猪♂（BW第004话）
属性：火炎
特性：猛火
简介：在BW004中，因受到前任训练家的抛弃，受伤和饥饿时被小智所救而感动，并决定跟随小智去旅行。
◆藤藤蛇♀（BW第007话）
属性：草
特性：茂盛
简介：在BW007中出现，有颓废绝招，所以小智很辛苦才抓到她，四只神奇宝贝都用上了，最后由于豆豆鸽属于雌性不会被颓废而成功收服。同时也认同的小智的实力。在BW第034话与劲敌修帝的决斗中，由于颓废绝招被破解而憾负青藤蛇。
◆滑头小子♂（BW第017话）
属性：邪恶+格斗
特性：蜕皮/自信过剩
简介：BW012因清理了破破袋秘密基地的杂物，之后从菊代那里获得神奇宝贝蛋作为礼物。在BW017中从蛋中孵化，因为是刚出生的，所以非常弱。不过与艾莉丝的牙牙进行首次正式对战打成平手。性格非常要强，喜欢用铁头功攻击旁边的人。因此常常惹出不少麻烦和笑话。BW035中勇敢的滑头小子挑衅惊吓菇群，其后被孢子技能中毒倒下。
◆虫宝包♂（BW第018话）→宝包茧♂（BW第025话）
属性：虫+草
简介：BW018中出现，一开始小智收服不到它，皮卡丘被包衣蚕给挡住了眼睛，所以失败了。后来小智舍身救下包衣蚕，最后随小智一起旅行。在BW第023话与飞云市馆主亚堤进行道馆战时与车轮毬对战的过程中进化了，还学会了能源球，并为小智夺得了甲虫徽章。
◆震音蟾蜍（BW第032话）
属性：水+地面
特性：轻快/湿润身体
简介：BW035出现，开始想击败侵入自己领地的小智，后来因为自己的手下（音波蝌蚪、泥巴鱼）失败而亲自出手，但因属性相克败下阵来，被水水獭一击秒杀。自身实力非常强悍。
◆石丸子（BW第034话）
属性：岩
特性：坚硬
简介：BW034出现，开始小智派出水水獭想收服，但因为水水獭受伤而失败，随后火箭队抓走石丸子同伴，小智将其救下，石丸子愿意跟随小智，并与暖暖猪进行战斗。
