七星篇、破灭之光篇、异次元篇、Darkness篇
1、七星篇
为了夺取被封印在决斗学院地底遗迹中，拥有毁灭世界力量的三幻魔幻魔皇拉比艾尔、降雷皇哈蒙、神炎皇乌利亚，出现名为七星（SEVENSTARS）的神秘团体。
相应的决斗学院方面的游城十代、天上院明日香、万丈目准、三泽大地、丸藤亮、库洛诺斯·德·梅迪奇老师和大德寺老师，被选为七星门钥匙的守护者，并与七星猎人进行争斗。发现大德寺也是七星之一，而大德寺老师真正的目的是为了培养十代，让十代拥有打败“那个人”的力量······
就在战胜七星不久，幕后黑手影丸理事长突然现身，发动七星门钥匙真正的功用，开启了唤醒三幻魔力量的仪式，十代挺身而出和影丸交手，在最后关头十代用了大德寺老师留下来的卡片贤者之石打败了三幻魔，并且最后和凯撒亮展开了毕业决斗，打成平手。
2、破灭之光篇
三幻魔事件结束后，前田隼人成为游戏设计者离开了学校，凯撒成为职业决斗者，与十代完美决斗后也离开战斗游戏学院。不过有迪拉诺剑山等厉害的新生入学，还有爱德·菲尼克斯、斋王琢磨等极为厉害的角色故意装成新生进入决斗学院。
被爱德击败的游城十代和丸藤亮受到“光之波动”的影响。无法决斗的游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致，并得到了新空间人卡组和王牌—新宇侠。另一方面连败中的凯撒接触到地下决斗，在那重生为地狱凯撒。
同时万丈目准、天上院明日香、三泽大地等人也相继被“光之波动”所侵蚀，欧贝利斯克克·蓝宿舍变成了光之结社的据点。
到童实野町修学旅行的十代一行人，被迫接受斋王的妹妹美寿知的考验，并得知“光之波动”的真相。回到决斗学院的鲛岛校长宣布GX大赛开幕，这场原本要让学生和职业决斗者交流，进而提升学生决斗能力的活动，却意外成为牵扯到地球存亡的事件。
在最后的对决中，爱德首先应战，但是尽管爱徳召唤出了命运英雄血魔-D却还是功亏一篑败给了斋王，十代在之后立即向斋王挑战，成功打败了被“破灭之光”操控了的斋王，并且也拯救了世界。另一方面恢复正常的万丈目在GX大赛中不断获胜，击败了前来挑战的早乙女礼成为冠军，礼也因此进入决斗学院的奥西里斯·红。
3、异次元篇
光之波动事件结束后，鲛岛校长为了提高学生的决斗水平，从决斗学院四所分院请来约翰·安德森、奥斯辛奥布赖恩、吉姆·克劳戴尔·库克、亚门加勒姆和眼镜蛇教授。
按照眼镜蛇老师的指导方针“公开决斗（DisclosureDuel）”，让学生戴着“Dis-belt”进行决斗，但是众人渐渐发觉事情不单纯，于是展开调查。
虽然十代经过苦战召唤出熔岩新生侠打败了眼镜蛇教授，但未能及时阻止尤贝尔，决斗学院被传送到异世界，突然来到异世界顿时让众人乱了头绪，还得对抗尤贝尔利用学生制造出来的僵尸，最后在两个世界的通力合作之下，成功的回到原来的世界。但约翰为了救十代一行人，自己迷失在了异世界，身体被尤贝尔控制着。
为了救出迷失在异世界的约翰，十代等人再次前往异世界，在这里每场决斗都必须赌上性命。
不断独自前进的游城十代，在同伴“死亡”和被五恶珠控制下的众人的无理指责下，被心中的黑暗彻底控制而变成了霸王军首领：霸王十代，并且在异世界成为了王者，后来因为吉姆和欧布莱恩的牺牲终于让他恢复正常，可是由于自己曾经利用融合杀过许多人而自责的他无法再使用。
但是看到凯撒奋战的身影，让他获得前进的力量，克服心理障碍救回约翰，在最后和尤贝尔的决战中，十代想起了前世的事情，十代使用超融合使自己和尤贝尔融合在一起。并且为尤贝尔清除了体内的破灭之光，最后回到了学院。但这关系到12个次元的危机并未就此结束。
4、Darkness篇
因为三幻魔、光之波动和尤贝尔事件，造成时空扭曲让Darkness（黑暗魔王）来到这世界。
而十代也因为尤贝尔事件变得忧郁而且孤僻，在发现了DARKNESS的时候为了不让伙伴受到牵连而主动避开他们，后来更打算用退学一了百了，但是在影丸理事长和斋王的劝说下选择了留下，在战胜了流星黑龙和五帝龙后和明日香参加了组队决斗，组队后明日香打算对十代告白，却换来了十代不可望其项背的背影......
再和库洛诺斯老师的决斗让十代引起往事，重新找回了决斗的热情，得知DARKNESS出现在童野市的时候立刻赶往，其中和斋王进行了第二次对决，得知了DARKNESS突袭决斗学院的消息，剑山、万丈目、明日香、翔等人先后被黑暗吞噬，并且世界的大多数人已被“黑暗魔王”吞噬了。
吹雪和被DARKNESS控制的藤原优介大战，但是却输了，十代和约翰联手战胜了藤原，但是DARKNESS的本体却出现了，约翰因为和藤原优介的战斗而无力再战，游城十代成了最后的希望。最终用希望与信念唤醒迷失自我而被封闭的众人且打败了Darkness（黑暗魔王）。
毕业典礼结束后，众人还在毕业舞会狂欢时，游城十代已经收拾好行李，准备一个人默默离开，却在羽翼栗子球的引导下，与传说中的游戏王武藤游戏进行一场真正的毕业决斗......
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扩展资料
角色介绍
1、游城十代（オシリス・レッド）
入学时得到决斗王武藤游戏所赠的羽翼栗子球。是奥西里斯·红的希望之星和“守护者”之后逐渐成熟起来，拥有了决斗者应该背负责任这一觉悟。
当他的双眼在灵魂融合后显现出双色瞳时，可以让决斗精灵在人类次元实体化。为人十分迟钝乐天，特别是对于情商方面上是被动方。
2、万丈目准（オシリス・レッド）
大财团万丈目集团的三子，也和十代类似具有观看到决斗精灵的能力。入学时是号称新生中的决斗帝王，使用组合怪兽卡组。起初看不起蓝宿舍以外的学生，在头一次被游城十代打败之后流落至北方分院，观念发生了变化，并增加了武装龙卡组+扰乱卡组。
3、天上院明日香（オベリスク・ブルー）
决斗学院内部的著名校花，在学院中是人气偶像，天上院吹雪的亲妹妹。表面刚强却也能温柔地对待朋友的决斗者。吹雪失踪之后经常在晚上和丸藤亮在灯塔下讨论线索，视丸藤亮为兄长。后来喜欢十代但是始终没有对他说出自己的感情。
