口袋妖怪漆黑的魅影打完第八个徽章之后该去打彩幽市联盟。玩家作为一位宝可梦训练家到各地旅行，不断提升自己的战斗能力，最终打败8个道馆馆主和四天王，开启二周目。二周目新增属性道馆多个，游戏性上升。
游戏共有三个周目，每周目都有不同的挑战。在原基础上替换了冷门精灵为新精灵，也新增了一些精灵。
游戏第四关出来后在博物馆二楼找到馆长，对话后海洋队再次出现，进入战斗。胜利后任务完成。接着向上走遇见小遥，对话后战斗。
胜利后得到道具探测仪，接着向上来到紫堇市。在右边拿到秘传技碎岩。在这里拿到自行车，在道馆门前看见满充，对话后战斗。
