五勇者降临
数百年前,大灾难即将来临。为了阻止大灾难,五勇者和其他的被召唤者一起从异世界降临。召唤士暖昩地称从异世界召唤来勇者候补为遵照神的旨意,从异世界寻求助力。
被召唤者中的五人阻止了大灾难.成为勇者的五人,不知为什么成为了不死之身。大灾难之后的五人隐藏身份和大家一起生活。没人知道他们为什么会不老不死(将来也没人知道真相)。
威利斯：选择作为樵夫安静地在大自然中生活.
布恩：以自然与人类的共存为目标,建立了西尔特.
萨谬艾尔：选择与破坏自然之人战斗.
夏曼拉：选择在城镇里生活.
维克塔：为了寻找自己的生存意义,踏上旅程.
猎杀异能者运动
大约一百年前，猎杀异能者运动导致夏曼拉死亡。但是,维克塔使用远远超越自己能力的力量令夏曼拉复活。那个时候,他看到了强大而无形存在(维克塔称其为世界的意思)，并且了解到,自己五人也是被那股意志力召唤到这个世界来的。不过这说法到底只是维克塔个人的认识。世界的意思并不具有人格,可以视之为命运、神只、自然法则，它是真实存在的,同时也是不真实的。也就是说找不到确切的答案与解释，而维克塔的悲剧在于：他误把不可能抵抗的存在看成为可以抗争的对象。
但是对于复活后的夏曼拉,维克塔认为作为一颗棋子复活的夏曼拉已经不是原来的她,只是一个仿造品,一个傀儡人偶,因此对复活的夏曼拉产生厌恶与憎恨,而另一方面仍然对夏曼拉抱有友情和爱情,产生出无论是真是假,哪怕只有夏曼拉一个也好,让她脱离这个世界吧的想法。
维克塔就这样在爱恨矛盾的情绪中,不断拒绝夏曼拉,最后送她前往了异世界。
维克塔的拒绝严重伤害了夏曼拉。于是夏曼拉产生了另一个人格托卡玛库(类似一种心理防御本能。夏曼拉的精神在托卡玛库的内心沉睡。
维克塔开始神格化自己，他站在高于人类和其他勇者的视角,怀着对世界意志的对抗之心,十分苛责顺从世界意志的人类。
黑史学会兴起
十几年前，以一部分历史学家为中心,设立了研究从正史中被抹消的历史的黑史学会。这个时候它还只是单纯的研究会。
维克塔觉醒
不久前，维克塔认识到这个世界一直陷在“大灾难→勇者召唤→灾难阻止→受到勇者的监视→勇者力量衰退→大灾难再次降临→召唤新的勇者→……”这样的循环里。维克塔为了打破这种一成不变的循环,开始了行动。
基诺斯的野心
在过去的大灾难中被封印的怪物不断复活了。因为在地理位置的原因，无法得到王国的有力支援。为了防御,基诺斯加强了军事力量。军事力量不断增强使基诺斯渐渐有了打倒法兰王国的野心。基诺斯的科学力量是维克塔从异世界带来的技术，但基诺斯并不知道这一点。
黑史教团的诞生
黑史学会分裂为稳健派及激进派,没过多久,激进派就彻底除掉了稳健派。
基诺斯命令达尔潘加入黑史学会,并最终掌握了学会。学会改名为黑史教团,倾向于以激进手段保护自然,并且反对法兰王国。成为激进派首领的达尔潘除掉了稳健派,将黑史教团改变为反法兰王国的组织。
序幕
尚在人世的五勇者
维克塔：在各地出现进行破坏活动
布恩：西尔特首长
威利斯：流浪的樵夫
萨谬艾尔：武斗派的环境保护活动家
夏曼拉：以托卡玛库的身份重新回到魔力宝贝II的世界
大灾难再临
托卡玛库再次被这个世界召唤。
法兰王国预见到大灾难的降临,为了阻止灾难,依照惯例从异世界召唤了战士，但是不知为什么,召唤记录中并没有关于托卡玛库的记述。结果,没有发现什么具有特殊能力的人,于是被召唤的人员暂时以勇者候补的身份留在法兰王国。
五勇者宝藏传说—法兰城
以被召唤者为中心,王国组建了搜索队,开始进行关于五勇者的调查。为了监视各个被召唤者,王国的密探马洛里潜入到搜索队之中。不知出于什么原因,托卡玛库被任命为队长，而托卡玛库是所有被召唤者中资质最差的一个,很难理解为什么她会被选为队长。这似乎是被某种意志所推动的。但是,托卡玛库成为了搜索队的吉祥物,让队员们团结起来,从这种结果来说确实是没选错人。
基诺斯命令达尔潘在黑史教团里开始行动，在进行破坏的同时收集勇者相关的资料。黑史教团为了动摇法兰王国的根本,开始妨碍搜索队的工作。黑史教团已渗透到法兰王国的知识层和支配层,所以对搜索队的动向了如指掌。
遗迹与樵夫之谜—伊尔
搜索队为了调查而造访伊尔，与神秘的樵夫相遇。不久之后就查明这个樵夫就是五勇者之一的威利斯。但是威利斯的态度非常消极。大灾难即将再临,威利斯也隐隐约约察觉到“大灾难→勇者召唤→灾难阻止→受到勇者的监视→勇者力量衰退→大灾难再次降临→召唤新的勇者→....”这一循环的存在，因此他说五勇者的做法也许是错误的。威利斯见到了以托卡玛库身份出现的夏曼拉，认为夏曼拉早已死亡的威利斯因此大吃一惊而迅速逃离了。
黑史教团不断妨碍搜索队的调查，但是黑史教团的成员并不知道自己的幕后操控者是基诺斯。黑史教团的宗旨口号是大灾难是神明赐予的净化印记，所以黑史教团妨碍一切试图阻止大灾难的行动。当然这一宗旨也是基诺斯的策略。
要人夺回作战—法兰城
黑史教团仍不断妨碍搜索队的调查。
布恩以西尔特首长的身份与搜索队会面。搜索队查明布恩的真实身份,布恩也见到了托卡玛库,为此感到惊讶。尽管对布恩来说托卡玛库是不是夏曼拉都不要紧,但从中他隐约感觉到潜藏的暗流在活动。与布恩见面之后,托卡玛库感觉到自己与五勇者有某种关联,于是脱离了搜索队去寻找真相。脱离搜索队之前,队员们普遍认为托卡玛库队长不太可靠,但是一旦失了她,才发现整个队伍陷入了微妙的困境。于是,当托卡玛库再度回到队伍时,一下子就成为了搜索队的偶像。
基诺斯通过教团得知五勇者还活在人世。
被掩埋的传说—圣拉鲁卡
亚霞率领黑史教团煽动了圣拉鲁卡的怪物骚动，目的是引出五勇者。但是亚霞一时大意泄露了黑史教团的名号。
由于托卡玛库的脱队,五勇者搜索队无法行动,因此派遗召唤者进行工作。在村子里获悉五勇者相关的传说,得知当初五勇者使用了相当极端的方法封印了怪物。
在圣拉鲁卡,威利斯与托卡玛库再会。在托卡玛库一再追问之下,威利斯再次逃跑。
伊尔村动荡始末—伊尔
萨谬艾尔被伊尔村振兴的计划激怒,与伊尔村村民变得对立起来。
萨谬艾尔与托卡玛库见面了。因为萨谬艾尔一直把夏曼拉当成自己的妹妹,所以立刻就察觉到托卡玛库的真实身份正是夏曼拉。但是她自己却否认这种直觉的判断。托卡玛库与萨谬艾尔见面后,明白自己与五勇者之一的夏曼拉有着深刻的关系。
亚霞来到伊尔村打算妨碍伊尔村的振兴,结果被萨谬艾尔抢先一步,萨谬艾尔以回忆之地不容任何人进入为由，封锁了遗迹的最深处。因此亚霞大发雷雷霆。教团的宗旨(行动目的)也被揭发了出来，同时让人感觉到教团其实是一个相当大的组织。而伊尔村民也重新考虑了遗迹利用法,关闭了振兴村子的施设。
与此同时搜索队选出吉鲁担任临时的队长
勇者的继承者—法兰城
维克塔，作为神秘人物低调登场，破坏法兰城近郊的怪物封印。
托卡玛库回到搜索队。从此搜索队分裂为托卡玛库派和吉鲁派。马洛里接到监视托卡玛库的密令,加入了托卡玛库派。吉鲁派只占了极少数。……
召唤者—勇者候补
双眼在一片绚烂中逐渐地恢复了视觉，转眼来到的这个世界是多么的陌生，当召唤者被法兰王国的召唤士盖兹召唤来的时候，宿命的枷锁被挣开，命运的齿轮再次轰然开始了转动。
召唤者的出现并非偶然，即使在这之前的几千年里，召唤者已经重复了无数次命运的轮回，却依然坚信一点：我们能用自己的力量去解开这一段所谓的宿命，打破诅咒，打破宿命，挣脱命运之神的束缚，为这个世界带来真的解放。手拉手不是勇者的我们，也可以做到！
