画家在空间及远近法的处理上也有他独到之处。他巧妙而又精确地运用了透视法则，把一切透视都集中在耶稣头上，在视觉上使他成为统辖全局的中心人物；同时达·芬奇还巧妙地延伸了壁画地空间。整个画面远远望去，感到纵深很远，从耶稣背后的窗口，可以看到耶路撒冷美丽的黄昏景色。专家们认为是画家用自己家乡佛罗伦萨的风景画成的。另外达·芬奇还正确地运用透视原理，把《最后的晚餐》画在食堂墙壁上部，使水平线恰好与画中的人物和桌子构成一致。因而使进入食堂的观众产生视觉和心理上的错觉，仿佛自己也参加了耶稣和众门徒举行的晚餐，有如临其境，如闻其声之感。
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