首先带上相应怪兽的mega石，出他的时候4个技能下面会多出“mega”选项，战斗时，攻击前按一下mega，再点招数攻击，当回合mega进化。
《宝可梦水晶版》是《宝可梦金·银》的资料片，游戏剧情与《宝可梦金·银》相同，但在玩家在游戏中可以选择女孩克丽丝作为主角，谜之青年·水京也会出场。而且游戏还增加了宝可梦的登场动画。
《宝可梦水晶版》的游戏舞台被设定在关都地区和西边的城都地区。关都地区源自日本的关东地方。城都地区的设计则来源于日本的关西地方和东海地方，这两地的许多寺庙和传统日本建筑都在城都地区有所体现。
满金市类似于大阪，其磁悬浮列车直达关都地区的金黄市，这与新干线连通大阪和东京相似。另外缘朱市与京都市类似，缘朱市内的烧焦塔和铃铛塔与鹿苑寺和慈照寺相似，鹿苑寺标志性的凤凰雕塑是凤王的原型。
