1、第1集遇到凤王
剧情简介：小智在前往常磐市的途中，在森林里见到了凤王。小智同受伤的皮卡丘躺在地上，目睹了凤王飞过了雨后的彩虹。小智的宝可梦图鉴不能辨认出凤王，并称还有许多宝可梦是不为人所知的。其后小智向大木博士描述了先前的见闻；
尽管小智指出了一幅自认为是凤王——其实是火焰鸟——的图案，大木博士也并不相信小智的奇遇，并认为小智看错了。这只通体金色的凤王是动画系列凤王的早期设定（在那时所有第二世代的宝可梦们并未被完全设定出来）。这段经历在之后被再次提及。
2、第62集遇见超梦
剧情简介：身份是由邪恶组织火箭队创造出的宝可梦。在摧毁其出生的实验室后，火箭队首领坂木以帮助超梦控制自己的能力为由说服了超梦与自己合作。事实正相反坂木将超梦当作了武器利用。在摆脱坂木的控制后，超梦质疑自己的存在，并决定向自己的制作者复仇。为了实现目的，超梦邀请了主角小智在内的数名宝可梦训练家来到自己的岛屿，并计划克隆他们的宝可梦。
3、第75集遇见火焰鸟
剧情简介：火焰鸟被娜兹获得，但未用作战斗。后在黄金市希鲁夫公司同急冻鸟和闪电鸟合体成一只奇特的宝可梦。在娜兹被小智、小茂和小蓝的三位一体技能打败后，火焰鸟重新获得自由，回到野外。小蓝在之后克服对鸟类宝可梦恐惧的修行中，于灯火山收服了火焰鸟。
4、第190遇见急冻鸟
剧情简介：在小智在合众地区旅行之时，留在双叶镇家中的小光也正在为了大型庆典而进行特训。看到了这一情况的彩子向小光提出了挑战！在与原本是顶级协调家的妈妈对战之后，小光越发坚定了前去丰缘地区旅行的决心。
但是她为该携带哪些伙伴去旅行而犹豫起来，因而前往了山梨博士的研究所，打算找他商量。在研究所中小光遇到了为选择哪只初始怪兽而烦恼的新人训练家シンコ。在シンコ的面前，波加曼与小火焰猴吵起架来，并冲出了研究所……
5、第222集遇见洛奇亚
剧情简介：小银是一只幼年洛奇亚。尽管其并未被通过精灵球正式捕获，欧萨姆还是把小银当作了自己的宝可梦。两者整日在一起玩耍。火箭队的南波博士派遣雅玛多和小三郎捕捉小银，进而吸引成年的洛奇亚赶来。南波后将其发明用于洛奇亚；
在增强洛奇亚的战斗能力的同时彻底激怒了后者。小智一行人齐心协力营救小银和成年的洛奇亚。在放出小银后，小智说服了成年的洛奇亚，后者终于接受了不是所有人类都是坏人的事实。随后成年洛奇亚使用了神秘守护保护了小智等人。欧萨姆最终也同意将小银送回自己长辈的身边。
6、第228集遇见水君
剧情简介：在小智一行摆渡过河时，看到了丛林中水君的身影。一行人询问大木博士后，得知大木博士在之前曾邂逅过水君。大木博士询问一行人发现水君的地点，小智在回答后因被催促，未等博士答复随即辞别启程。片刻后水君发现了正强迫雪拉比摧毁树林的比夏斯；
并在小智和雪成即将从雪拉比创造的怪物身上掉下来之前救下了二人。水君后被怪物抓住，但设法从巨兽的紧握中逃脱，这为小智和雪成营救雪拉比创造了机会。一行人最终自比夏斯手中就出了雪拉比。为了治愈雪拉比，小智一行人将其带到了生命之湖。
7、第243遇见闪电鸟
剧情简介：在闪电鸟跟水晶，湖的秘密中，当火箭队试图窃取一块赋予了湖治愈电系宝可梦的能力的水晶的时候，天空突然阴沉下来，闪电鸟出现。这使得火箭队调整计划，试图同时捕捉闪电鸟，但由于使用的机械被闪电鸟攻击而过载，随后爆炸。
火箭队一行随即被炸飞，并带着水晶消失在天际。这时耗尽体力闪电鸟突然晕厥。之后小智一行在丛林中找到了火箭队，并成功夺回水晶，治愈了闪电鸟。闪电鸟重回天空，小智一行人与其挥手道别。
8、第260遇见炎帝
剧情简介：炎帝、雷公和水君察觉到王冠市被索罗亚克袭击，随即赶去支援。在见到被寇泰围困的索罗亚克后，传说的三圣兽由于城市被毁的激愤而对索罗亚克发起了攻击。索罗亚克动身寻找索罗亚，在城市中同包括炎帝在内的三圣兽展开巷战；
索罗亚克轮番变成炎帝、雷公和水君的形态，但依旧无法抵挡三者的能量。在炎帝等与索罗亚克在转角的一次遭遇中，索罗亚克使用黑夜爆裂暂时击飞了三圣兽，并继续寻找索罗亚。
