甲鱼的头部、皮以及内脏都是不宜食用的，在处理甲鱼的时候要剥去甲鱼身上的一层砂皮，因为甲鱼常年在沙土里钻，身上会磨出一层老皮，必须要仔细处理干净，不然相当影响口感的。
甲鱼头可吃可不吃，如果不想扔掉，用剪子顺着脖子剪开，将其喉管去除掉，剩下的就可以一起烹饪了，甲鱼的内脏可能含有一定的毒素，因此最好不要吃甲鱼的内脏。很多人喜欢生吃甲鱼血，不过甲鱼血液可能有寄生虫，因此一般不建议食用。
挑选甲鱼技巧
主要看甲鱼的各个部位。凡外形完整无伤无病，肌肉肥厚，腹甲有光泽，背胛肋骨模糊，裙厚而上翘，四腿粗而有劲，动作敏捷的为优等甲鱼;反之，为劣等甲鱼。
抓：用手抓住甲鱼的反腿掖窝处，如活动迅速、四脚乱蹬、凶猛有力的为优等甲鱼;如活动不灵活、四脚微动甚至不动的为劣等甲鱼。
查：主要检查甲鱼颈部有无钩、针。有钩、针的甲鱼，不能久养和长途运输。检查的方法：可用一硬竹筷刺激甲鱼头部，让它咬住，再一手拉筷子，以拉长它的颈部，另一手在颈部细摸。
