明教源于公元3世纪中叶波斯人摩尼所创的摩尼教。摩尼出生于公元216年4月14日，他的家乡位于美索不达米亚地区，也就是古巴比伦，今天的伊拉克，当时属于波斯帕提亚王朝。
摩尼教的原始教义吸收了基督教的诺斯替派和同样发源于波斯的琐罗亚斯德教的宗教成分琐罗亚斯德教俗称拜火教，中国人称之为祆教，由于摩尼教和祆教都传自波斯，所以古代中国好多人把两教经常混淆，金庸在小说里也把两教混为一谈。
摩尼教何时传入中国？
大概是在唐武则天严载元年（694）年，佛多诞携《二宗经》来朝，摩尼教始传中国。不过有学者认为应该更早，只不过严载元年标志着摩尼教在中国公开合法传播的开始。
武则天对摩尼教很感兴趣，这大概是因为她代替了李唐，需要从宗教方面获得更多支持有关。而唐玄宗时佛多诞曾奉诏令翻译《摩尼光佛教法仪略》。主要介绍你该教的创教者、经典、教义和教规。这一次翻译活动给摩尼教带来了巨大挫折，第二年唐玄宗就以“本是邪见，妄称佛教，诳惑黎元”的理由禁止摩尼教在汉人中传播。李隆基这么做，大概是认为摩尼教是佛教的山寨货。
宗教在乱世更有机会，虽然摩尼教被唐廷禁止了，但很快安史之乱爆发，唐代宗借回鹘兵从叛军手中收复洛阳，回鹘牟羽可汗带着四名摩尼教僧侣回漠北，很快摩尼教在回鹘就被定为国教。
当时的唐廷已经没有能力了，摄于回鹘的要求，于大历三年至元和二年，先后允许在京师、荆州、扬州、洪州等地建置摩尼寺，称大云光明寺。
但是公元840年，回鹘不被另外一游牧部落黠嘎斯攻破，中原的摩尼教一下子失去了外部支持者，而加上会昌三年，以“灭佛”而闻名的唐武宗开始打击所有外来宗教，摩尼教也不能幸免，摩尼教遭受到了几乎毁灭性地打击。
这一次诛灭“夷教”的行动，使得摩尼教信徒们心有余悸，于是他们加速了中国化进程以便深入民间传播。到了宋代“摩尼教”这个音译被意译为“明教”所代替，这个名字来源于崇拜光明的教义。
宋代的明教实际上并不在金庸小说里的昆仑山，而是在东南沿海的福建福州、泉州以及江浙一带。明教在唐代为了传教，把自己佛化，到了宋代崇道的氛围下，又把自己道化。宋真宗时编写《道藏》，明教徒贿赂主管官员，把明教经典也给编进去了。宋徽宗是编写《政和万寿道藏》，负责雕版印刷的黄裳（没错，就是金庸小说里九阴真经的作者黄裳）也把明教经典吸纳了进来。
但是明教其实跟方腊没有多大关系，方腊甚至连明教徒都算不上。明教不允许信徒吃肉喝酒，但方腊起义一开始就招呼手下杀牛喝酒，很难想象一个浇筑宣布自己破除戒律，毕竟这是组织教众的信条。
明教就基本的戒律就是吃素，以至于人们一见到吃菜事魔就和明教李安纳西起来，实际上当时许多民间宗教都是吃素的，而“事魔”是统治者对这些民间结社的贬称。“魔”并不一定就是摩尼教的“摩”。
再者明教实际上跟佛教一样是一个松散的宗教组织，并不像基督教那样在世俗里拥有极强的控制力和影响力，从始至终都没有出现过一个统一的教宗统领天下所有教徒，哪儿来的教主？佛教高僧那么多，但却没有一个可以称之为佛教教主的，毕竟它们并没有类似基督教那样广泛组织化的行政构架。
不过在宋代明教也确实对统治者产生了严重威胁，大诗人陆游就曾指出革除流行的金刚禅、揭谛斋之类民间教门为朝廷之忧，明教最甚。
