1、政治矛盾。
军队是为政治服务的，军事冲突是政治矛盾不可调和的产物。作为海陆新军的基础，萨摩藩和长州藩的新军成了当时倒幕运动的主力大军，在幕府统治结束后，萨摩藩和长州藩一跃成为左右日本政坛的新势力，二者都进了中央，开始了轮流执政时期。
当初倒幕运动时期，两派就相互不和，到了执政时期，矛盾更加尖锐。说到底表面上海军与陆军之争，实际上是日本的地方藩阀之争。
2、社会阶层的矛盾。
几乎世界上大多数的国家都有这样一个现象，那就是海军成员大多数是“土豪贵族”，而陆军则显得很土很穷了。从军队成员分布来看，日本的海军成员大多数出自富裕贵族和商人家庭，从小接受良好的教育，有的还有西方教育背景。
相比之下陆军成员多来自于普通中下层阶级。贫富矛盾是军队矛盾产生的又一原因，陆军和海军彼此互不相让，都认为自己是日本社会发展的中坚力量，在矛盾闹得严重的时候，二者甚至不通婚，打仗也不配合。
扩展资料在日本古代社会中，天皇其实就是一个摆设，真正掌握实权的是幕府将军。
不过幕府将军也不是掌握所有的权力，在日本各地分布着大名，这才是地方实力派。长州藩和萨摩藩都是其中的地方势力，在19世纪后期，由于需要面对西方列强的侵略，日本开始了著名的倒幕运动。在倒幕运动中，长州藩集团和萨摩藩集团都出力不少。
因此在明治天皇掌握实权之后，这两大集团都得到了加官进爵。可是长州藩与萨摩藩有世仇，而且一直都无法化解。现在虽然共同拥戴明治天皇，可两家的恩怨还在继续。
在随后的明治维新运动中，日本开始组建近代化的海军和陆军。其中长州藩集团控制了陆军，萨摩藩集团控制了海军，海军和陆军之间的梁子就是从这个时候开始的。
