1941年11月，联合舰队扩编成大规模综合作战舰队，所辖第1舰队为战列舰部队，第2舰队为重巡洋舰部队，第3舰队为封锁运输部队，第4舰队为占领区部队，第5舰队为北方部队，第6舰队为潜艇部队，第1航空舰队为航空母舰部队，第11航空舰队为岸基航空部队，以及南遣舰队。其规模达到组建以来的顶峰。
联合舰队直属 司令长官：山本五十六大将
第一战队 战舰/长门、陆奥
第二四战队 特设巡洋舰/报国丸、爱国丸、清澄丸
第一〇航空战队 水上机母舰/瑞穂、千歳
第四潜水战队 轻巡洋舰/鬼怒、潜水舰/6只
第五潜水战队 轻巡洋舰/由良、潜水舰/6只
水上机母舰/千代田
驱逐舰/矢风
标的舰/摄津
工作舰/明石
第一舰队 司令长官：高须四郎中将
以战舰为主轴的主力舰队
第二战队 战舰/伊势、日向、扶桑、山城
第三战队 战舰/金刚、榛名、雾岛、比睿
第六战队 重巡/青叶、衣笠、古鹰、加古
第九战队 轻巡/北上、大井
第三航空战队 空母/凤翔、瑞凤 驱逐舰/三日月、夕风
第一水雷战队 轻巡/阿武隈
第六驱逐队 驱逐舰/雷、电、响、暁
第一七驱逐队 驱逐舰/浦风、矶风、谷风、浜风
第二一驱逐队 驱逐舰/初春、子ノ日、初霜、若叶
第二七驱逐队 驱逐队/有明、夕暮、白露、时雨
第三水雷战队 轻巡/川内
第一一驱逐队 驱逐舰/吹雪、白雪、初雪
第一二驱逐队 驱逐舰/丛云、东云、白云
第一九驱逐队 驱逐舰/矶波、浦波、敷波、绫波
第二〇驱逐队 驱逐舰/天雾、朝雾、夕雾、狭雾
第二舰队 司令长官：近藤信竹中将
以重巡洋舰为主轴的舰队
第四战队 重巡/高雄、爱宕、鸟海、摩耶
第五战队 重巡/那智、羽黒、妙高
第七战队 重巡/最上、熊野、铃谷、三隈
第八战队 重巡/利根、筑摩
第二水雷战队 轻巡/神通
第八驱逐队 驱逐舰/朝潮、満潮、大潮、荒潮
第一五驱逐队 驱逐舰/黑潮、亲潮、早潮、夏潮
第一六驱逐队 驱逐舰/初风、雪风、天津风、时津风
第一八驱逐队 驱逐舰/霞、霰、阳炎、不知火
第四水雷战队 轻巡/那珂
第二驱逐队 驱逐舰/村雨、夕立、春雨、五月雨
第四驱逐队 驱逐舰/岚、萩风、野分、舞风
第九驱逐队 驱逐舰/朝云、山云、夏云、峰云
第二四驱逐队 驱逐舰/海风、山风、江风、凉风
第三舰队 司令长官：高桥伊望中将
用以攻占菲律宾的舰队
第一六战队 重巡/足柄 轻巡/长良、球磨
第一七战队 敷设舰/厳岛、八重山 特设敷设舰/辰宫丸
第五水雷战队 轻巡/名取
第五驱逐队 驱逐舰/朝风、春风、松风、旗风
第二二驱逐队 驱逐舰/皋月、水无月、文月、长月
第六潜水战队 潜水母舰/长鲸
第九潜水队 潜水舰/伊－123、伊－124
第一三潜水队 潜水舰/伊－121、伊－122
第一根据地队 敷设舰/白鹰、苍鹰 扫海艇、驱潜艇、水雷艇
第二根据地队 敷设舰/若鹰 扫海艇、驱潜艇、水雷艇
第四舰队 司令长官：井上成美中将
内南洋防卫用舰队
旗舰 练习巡/鹿岛
第一八战队 轻巡/天龙、龙田
第一九战队 敷设舰/冲岛、海防舰/常盘、津轻
第六水雷战队 轻巡/夕张
第二九驱逐队 驱逐舰/追风、疾风、朝凪、夕凪
第三〇驱逐队 驱逐舰/睦月、如月、弥生、望月
第七潜水战队 潜水母舰/迅鲸
第二六潜水队 潜水舰/吕－60、吕－61、吕－62
第二七潜水队 潜水舰/吕－65、吕－66、吕－67
第三三潜水队 潜水舰/吕－63、吕－64、吕－68
第三根据地队 扫海艇、驱潜艇
第四根据地队 扫海艇、驱潜艇
第五根据地队 扫海艇、驱潜艇
第六根据地队 扫海艇、驱潜艇
第五舰队 司令长官：细萱戊子郎中将
北方防卫用舰队
第二一战队 轻巡/多摩、木曾
第二二战队 输送舰/粟田丸、浅香丸
第七根据地队 扫海艇、驱潜艇
第六舰队 司令长官：清水光美中将
潜水舰队
旗舰 练习巡/香取
第一潜水战队 特设潜水母舰 靖国丸、伊－9
第一潜水队 潜水舰/伊－15、伊－16、伊－17
第二潜水队 潜水舰/伊－18、伊－19、伊－20
第三潜水队 潜水舰/伊－24、伊－25、伊－26
第二潜水战队 特设潜水母舰 さんとす丸、伊－7、伊－10
第七潜水队 潜水舰/伊－1、伊－2、伊－3
第八潜水队 潜水舰/伊－4、伊－5、伊－6
第三潜水战队 潜水母舰/大鲸、伊－8
第一一潜水队 潜水舰/伊－74、伊－75
第一二潜水队 潜水舰/伊－68、伊－69、伊－70
第二〇潜水队 潜水舰/伊－71、伊－72、伊－73
第一航空舰队 司令长官：南云忠一中将
空母机动部队
第一航空战队 空母/赤城、加贺
第七驱逐队 驱逐舰/曙、潮、涟
第二航空战队 空母/苍龙、飞龙
第二三驱逐队 驱逐舰/菊月、夕月、卯月
第四航空战队 空母/龙骧、春日丸
第三驱逐队 驱逐舰/汐风、帆风
第五航空战队 空母/翔鹤、瑞鹤
第？驱逐队 驱逐舰/胧、秋云
第十一航空舰队 司令长官：冢原二四三中将
基地（陆上）航空部队
第21航空战队
第22航空战队
第23航空战队
驱逐舰峰风、冲风
南遣舰队 司令长官：小泽治三郎中将
轻巡/香椎 海防舰/占守
第九根拠地队 扫海艇、驱潜艇
第四潜水战队 轻巡洋舰/鬼怒
第一八潜水队 潜水舰/伊－53、伊－54、伊－55
第十九潜水队 潜水舰/伊－56、伊－57、伊－58
第二一潜水队 潜水舰/吕－33、吕－34
第五潜水战队 轻巡洋舰/由良
第二八潜水队 潜水舰/伊－59、伊－60
第二九潜水队 潜水舰/伊－62、伊－64
第三〇潜水队 潜水舰/伊－65、伊－66
