三个初始宝可梦各有优势，但考虑到初始宝可梦更多的用处是帮助玩家更轻松的渡过游戏前期，个人建议水水獭。
火球鼠
火系宝可梦拥有初始御三家中最高的速度，但因为本作中具有「迅疾」机制，抢先手比较容易，因此速度的重要性没有那么高了，且基础血量较低在野外的续航能力也一般。
选择火球鼠的话建议前期抓一个泳圈鼬来打水系（家门鼠大牙狸的进化大尾狸也有水属性）。
水系宝可梦可以轻松的处理在前期比较难缠的主线BOSS劈斧螳螂是最大的优点。且自身属性也比较好，选择水水獭的话可以出门抓一只小火马补充火系的空缺。
水系宝可梦可以轻松的处理在前期比较难缠的主线BOSS劈斧螳螂是最大的优点。且自身属性也比较好，选择水水獭的话可以出门抓一只小火马补充火系的空缺。
阿尔宙斯中的最终进化形态是具有水属性和恶属性的洗翠形态。水和恶在属性克制方面有很多弱点，但许多属性也可以减伤，是非常优秀的属性组合。
木木枭
草+飞行系宝可梦，是御三家中唯一的双系宝可梦，组合弱点较多比较尴尬，优点是最终进化形态「狙射树枭」可以使用招式「缝影」来阻止目标逃跑，并可以使用奇异之光让目标陷入混乱状态，因此可以作为专门捕捉宝可梦的御三家宝可梦来一直使用至后期或通关，但相对的，前期可能会比较难过渡。
