这个只是传统的说法,事实中华文明不止五千年,一般来说这个五千年是从大禹治水那时算起的.大禹治水的时间根据目前的考证应在公元前2200多年．也就是距今4200多时．不过五千年文明之说早已有之，以当时的学术水平自然不能考证得很清楚，因此只能大概地说五千年了为什么说中国有5000年的历史
最近夏商周断代工程己经取得突破性成就。专家己公布了《夏商周年表》，确定夏代始年约为公元前2070年。黄帝事夏一千年左右。这样算来从黄带至今已有五千年的历史。
一般讲文明史，是以城、青铜和文字为标志的。考古工作者已在河南淮阳发现了一座属于黄帝时代的古城遗址-平粮台古城遗址，在这里发现了标志文明的青铜和文字。就文字而言通常把甲骨文看做是最古老的文字，甲骨文估计距今三千年左右。1986年，考古工作者在陕西发现了黄帝时代的骨刻文字，专家认为这才是中国最古老的文字。科学家还发现山东大波口文化中晚期?quot;陶文与商朝的甲骨文有一脉相承的迹象，估计陶文距今约五千年。1993年5月，考古工作者在山东的一座古城遗址中又发现了一种与甲骨文差别较大的陶文。陶文是刻在陶片上的，有11个宇，分五行排列。第一行3宇，其余各行皆2字，文字大小均匀，笔划纤细。陶文距今也接近五千年。专家们还发现了河图和洛书。河图刻有一到十个自然数排列图形，洛书刻有一到九个自然数排列图形。这些图形是刻在距今约五六千年的龟甲上，人称河洛文化。有人称这是中华文化的源泉。
1979年，考古工作者在湖南城头山遗址发现了距今六千多年的古城和祭坛。距今约七千年的河姆渡遗址的文明程度也有力地证实中国的文明史在五千年以上。
这个是最俱权威的官方网站有问题的答案:
http://www.zh5000.com/ZHJW/yhsb/200403/0001.htm
参考资料：http://www.zh5000.com/ZHJW/yhsb/200403/0001.htm
另外我们还要确认古人怎么确认年的划分，怎么确定一年有多少天，我们有可靠的证据表明，中国人的祖先，早在早期的农耕出现的时期，已经掌握了年的划分，虽然我们不能说他们完全的认识到一年有365天，但是他们通过对太阳，月亮的观察，已经掌握了一个大概的数值，所以说，古人对年的认识，还是非常深刻的。另外中国人的祖先的问题，关于我们对皇帝的认识，其实，完全可以认为是中国早期父系氏族之间的战争，然后统一了绝大部分的部落，这样算起的话，中国的文明最少有6000年以上
