《神奇宝贝》是由汤山邦彦执导，从1996年开始在电视上播放的动画片及与之相关的电影、短篇集、放送局和特别篇的统称。故事的主要剧情是讲述立志成为神奇宝贝大师的小智，和他的搭档皮卡丘一起踏上旅途。一路上小智邂逅了不少旅途的同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次的冒险。目前神奇宝贝系列动画共有四部：《神奇宝贝》无印、《神奇宝贝超世代》、《神奇宝贝钻石与珍珠》、《神奇宝贝超级愿望》。
女主角变动如下：第一部为小霞，第二部为小遥、第三部为小光、第四部为艾莉丝；
男配角变动如下：前三部为小刚，第四部为天桐
神奇宝贝动画目前为止已经播放了4个主要系列，分别对应了主系列游戏的内容，按先后的播出顺序分为第一部的关都地区石英联盟篇、橘子群岛橘子联盟篇（动画原创）、城都地区城都联盟篇、第二部的丰缘地区丰缘联盟篇、关都地区对战开拓区篇、第三部的神奥地区神奥联盟篇和第四部的合众地区合众联盟篇。
不同于游戏，动画中，神奇宝贝具有了更多类似人类的特质，有个别神奇宝贝甚至可以讲人话，例如火箭队的喵喵。
动画中揭示了更多人类与神奇宝贝相处的历史，比如宝贝球是在近代才出现的物品，而大木博士在少年时所使用的宝贝球也与当代的样子不同。在宝贝球的发明和大规模生产之前，城都地方的人们还会使用圆柑果实来捕捉神奇宝贝。而在远古时期，神奇宝贝被称为魔兽，人类使用魔兽装具来控制这种生物。
