无双大蛇讲述的是远吕智创造了一个将三国和日本战国合二为一的世界，收服了各路豪杰武将后，豪杰们纷纷以各种方式反抗，打败远吕智的一个故事
魔王再临的剧情是接着无双大蛇，妲己、平清盛妄图复活远吕智，在这个融合世界里的各路豪杰得到消息后，与他们开战，企图阻止远吕智复活，但最后远吕智还是复活了，而且比之前更强，最终自然是以各路豪杰击败远吕智为结局，而魔王再临中有一段远吕智势力的剧情讲述的是无双大蛇之前的事，是说远吕智在将三国和战国世界合二为一时如何征服各路豪杰的，还有其他模式中的剧情也有各种对之前故事的补完，比如妲己如何在五行山解救被困的远吕智，以及三藏法师与悟空的纠结剧情
无双大蛇2的剧情是接着魔王再临的，真·远吕智被打败后，各路豪杰依然生活在这个融合的世界里，或者安逸生活、或者发展自己的野心扩大势力，但是不知为何，一条八歧大蛇突然出现在这个世界里，巨大的力量将这个世界变成一片废墟，所有的豪杰都身亡了，只剩下马超、半兵卫和司马昭，经过一番苦战，和仙女辉夜姬的帮助，这三人才逃过一劫，但是要想击败这八歧大蛇，必须要有各路豪杰的力量，于是，通过辉夜姬的能力，让着三人穿越时空回到过去，去说服各路豪杰停止争斗，共同面对即将到来的危机。
回到过去后说服各路豪杰的同时也得到了妲己的加入，妲己当然没安好心，而八歧大蛇的出现自然也是她一手造成的，她跟随豪杰大军，一路寻找远吕智的尸体，在集齐八个远吕智的身体后，妲己倒戈，并复活八歧大蛇，最后集众豪杰之力再一次打败远吕智后，仙人们利用他们的力量把融合世界再度分开，恢复原来的样子，而豪杰们也失去了这一段记忆，但总能感觉到自己之前似乎遇到过一个非常惺惺相惜的好基友。自此剧情全部OVER
