截止至2019年9月，《名侦探柯南》剧场版一共有23部。
1、《名侦探柯南：计时引爆摩天楼》
讲述新一收到了来自谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席。此即为事件的开端。此后发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件。那个自称凶手的男子打来预告电话，与柯南展开博弈。随后凶手连续发来炸弹预告，城市陷入了恐慌。
2、《名侦探柯南：第14个目标》
讲述柯南身边的人，目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭遇行凶。有着神秘关键字的扑克牌，被留在了犯罪现场。追查案件真相的柯南等人，奔向海上餐厅，在那里等着他们的，是新的杀人大戏。
3、《名侦探柯南：世纪末的魔术师》
讲述在世纪末的这年，基德发出了要偷取帝国彩蛋的预告函。柯南去大阪追逐基德。基德在解开预告函的柯南和平次两个人面前，悠然地偷走了彩蛋。就在柯南追击基德之时，响起了枪声。柯南在一探究竟前，发现了映出的古堡。可是当晚，发生了杀人案件。
4、《名侦探柯南：瞳孔中的暗杀者》
讲述发生了警察官被接连杀害的案件。被杀的两人都紧握警察手册，柯南偶然和该案件遭遇。小五郎试图共同解决案件，而白鸟刑警却说出了一句“Neednottoknow”。这是警察内部用语，表明案件与警察内部相关。从警视厅得到的情报中得知，小兰的性命也会被盯上。
5、《名侦探柯南：通往天国的倒计时》
讲述柯南与少年侦探团，来到西多摩市临近完工的日本第一高的双子塔大厦。这是最先进的高科技建筑，而在建设过程中，有可疑人物暗中活动。其后在大楼内发生了第一起杀人案。在那附近柯南目击到难以置信的东西，并且灰原也开始与什么人秘密联系。
6、《名侦探柯南：贝克街的亡灵》
讲述柯南等人闯入夏洛克·福尔摩斯活跃的100年前的伦敦。世界最先进的虚拟体感游戏“茧”操纵着50个人的生命。柯南和父亲工藤优作一同挑战人工智能“诺亚方舟”。
7、《名侦探柯南：迷宫的十字路》
讲述东京、大阪、京都的5名男子遭到杀害。5人是屡次盗窃佛像、美术品的“盗贼团·源氏萤”的成员，相互以义经和他的随从的名字称呼。与此同时小五郎接到某个寺院的委托，与柯南等人一同到达了京都。东、西名侦探柯南、平次，齐心协力化解挑战。
8、《名侦探柯南：银翼的魔术师》
讲述那里某栋大楼的屋顶上，与柯南对峙的是他的宿敌怪盗基德。柯南、小兰、小五郎和牧树里收到了怪盗基德的预告函。小五郎得知牧树里在舞台剧《约瑟芬》上使用蓝宝石戒指“命运的宝石”，做出了当晚基德会前来抢走宝石的推理。在柯南等人的注视下，舞台的幕布升起。
9、《名侦探柯南：水平线上的阴谋》
讲述在太平洋航行的阿佛洛狄忒号。柯南小兰、小五郎，还有少年侦探团和阿笠、园子等一行人，参加了它的处女航。靠八代财团的威信建造的那艘船上，邀请了许多政界和演艺界的名人。在船上有个可疑人影在行动。最终发生了杀人案。
10、《名侦探柯南：侦探们的镇魂歌》
讲述小五郎接到了侦探委托，委托人将ID交给了少年侦探团和小兰，他们兴高采烈地去乘坐超人气过山车·超级大蛇。可是那个ID设置了炸弹。时限为截至闭园的12个小时。不断提供提示的神秘男子，将柯南称为“工藤新一”。在与服部平次会合的同时柯南全力向真相逼近。
11、《名侦探柯南：绀碧之棺》
讲述柯南一行人在太平洋小岛“神海岛”上度假。神海岛有着被称为“海底宫殿”的古代遗迹，传说中沉睡着300年前真实存在的两个女海盗安娜·邦妮和玛丽·里德留下的财宝，因此吸引了很多宝物猎人。这时在海底宫殿附近潜水的小兰等人面前，猎人之一被鲨鱼袭击身亡。
12、《名侦探柯南：战栗的乐谱》
讲述不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。
13、《名侦探柯南：漆黑的追踪者》
讲述以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。“黑衣组织”中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了，危机一触即发。
14、《名侦探柯南：天空的遇难船》
讲述怪盗基德，燃烧着对决的执念的大富豪·铃木次郎吉发出了挑战书：有本事就来盗取世界上最大的飞艇铃木号中收藏的宝石“天空的贵妇”吧。时间限制为东京⇔大阪间的6个小时。被次郎吉招待的小五郎、小兰、柯南、少年侦探团的孩子们也乘上飞艇。以天空为舞台的头脑战就此揭幕。
15、《名侦探柯南：沉默的15分钟》
讲述12月某天，朝仓东都知事收到一封恐吓信。第二天刚开通的都营地铁隧道被炸毁。不过多亏了从小五郎那里得知恐吓信的柯南，才避免了惨剧。柯南等人到建好水坝的新潟县去。迎接搬迁5周年纪念仪式的北之泽村，很多人在一起围观。
16、《名侦探柯南：第11个前锋》
讲述毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。而正当柯南与灰原哀和少年侦探团一起、沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中的时候，得知了威胁电话的事情。
17、《名侦探柯南：绝海的侦探》
讲述映着朝霞的海面上，漂浮着装有炸弹的神秘可疑船只。那艘船是一切的开端。京都舞鹤港海域。海上自卫队举行宝贵的宙斯盾舰航海体验。柯南、小兰、小五郎、少年侦探团一行人享受着用电子武装的高科技军舰施展的大震撼力。
18、《名侦探柯南：异次元的狙击手》
讲述以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。
19、《名侦探柯南：业火的向日葵》
讲述曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术馆雷克洛克举办，这一梦幻般的新闻发布至全世界，柯南和小兰也关注了新闻转播。
20、《名侦探柯南：纯黑的噩梦》
讲述某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入，千钧一发之际，安室透率领公安警察及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。
21、《名侦探柯南：唐红的恋歌》
讲述大日卖电视台突然发生了爆炸案。此时台内正进行由日本百人一首协会带头的“皋月会”举办的皋月杯的发布会的录制。突发的事态引发了大恐慌。从轰隆作响的即将崩塌的大楼中，关西名侦探服部平次和他的青梅竹马·远山和叶两人被千钧一发之际赶到的柯南平安救出。
22、《名侦探柯南：零的执行人》
讲述在峰会召开的5月1日，会有2万2千名警察出动。这样的超巨大设施，某天突然发生了大规模爆炸案！那里，有从属于暗中掌控全国公安警察。在峰会当天没有发生，而是在事前发生的爆炸案，以及秘密暗中出动的安室的无法理解的行动令柯南不禁感到蹊跷。
23、《名侦探柯南：绀青之拳》
讲述在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。在当地的富豪将其回收，于舞台上展现其真容时，在滨海湾金沙酒店发生了杀人案。现场留下了怪盗基德沾有血迹的预告函。另一边为了观看在新加坡举办的空手道锦标赛，小兰和园子来到了当地。
