人类补完计划的最终目的就是消除人与人之间的心之壁，实现人类的最终进化。背后也有一个隐藏目的，那就是selee企图通过人类的灭亡来赎罪。
前面十几个使徒都拥有生命之果，而人类选择了智慧之果，没有能源维持巨大的整体，没有永恒的生命，只能以一个个个体形式存在，无论是使徒还是人类都是不完整的存在，所以几方的目的都是人类补完，补完计划就是把几十亿人合为一个个体，这样人类就只剩下一个意志了。
但是各方都处于自己利益的考虑，希望在补完是对自己最有利。
在圣经中人类被视为恶魔撒旦与莉莉丝的后代，所有也有了人生而有罪的说法，所以神秘组织selee希望以这种方式进行赎罪。
selee持有死海文书，上面记载了很多未知的信息，他们以此为指导，拟定了人类补完计划。他们利用搭载着s2机关的EVA，对莉莉丝执行处刑仪式。
s2机关实际上就是生命之果，拒死海文书记载，所有使徒被消灭后，生命之树会重新出现，它的果实也会出现。所以一开始nerv造EVA打使徒并不是为了保护人类，而是为了让生命之树重新出现，从而实现自己的目的。
