历史上真实的忍者完全不同于日本动漫中的描绘。
其一是忍者没有各种形状的手里剑。在那个年代手里剑几乎都是用钢制作的，非常重，而且很容易划伤自己，忍者的主要目的是为了传递情报，他们会避免进行战斗，就算是被迫应战，也会尽量逃跑。
其二是使用手里剑的多为武士，忍者执行刺杀任务时一般都是用“忍者飞镖”，而这种所谓的“忍者飞镖”，也不是为了杀人，而只是为了吓唬人，以为自己争取更多逃跑的时间。
其三是忍者最常用的武器是镰刀。在那个年代镰刀是最为常见的防身武器，一来可以用来削木头做箭，竹子做盾，二来在危险时刻可以充当防身武器，非常实用。
其四是忍者还会使用一种金属圈，这种金属圈的内圈和外圈都有着锋利的刀刃，这种武器类似于中国的血滴子，只要将这种金属圈缠绕在敌人的脖子上，然后轻轻的转上一圈，敌人将必死无疑，杀伤性非常高。
其四是动漫中的忍者跑与现实中真正的忍者跑有差异。火影中的忍者跑看起来非常帅气，但是在实际生活中非常容易暴露自己，而真正的忍者跑则是使用高抬腿的鬼祟步，而且在小跑时一般都是同手同脚跑起来，这样就不容易让衣物摩擦产生声音，同时便于隐藏自己的气息和脚步声，而且如果急速跑的话，一般都是双手叉腰，减少噪音。
总而言之日本动漫中的忍者与现实中的忍者是完全不同的。
