西游记最厉害的妖怪是九灵元圣和金翅大鹏雕。
1、九灵元圣
九灵元圣是太乙救苦天尊的坐骑，是有着九个头的狮子精。太乙救苦天尊可不是普通人，他是东极青华大帝，道教四御之一，与玉帝平辈，比佛教至尊五方五老之一的如来佛祖还要高一级，是如来佛祖的上级，他的坐骑自然也就非常厉害了，堪称西游记中最厉害的妖怪之一。
九灵元圣法力超强，他喊一声，上通三圣，下彻九泉，而且西游记中所有妖怪里只有他能只用一招就制服了齐天大圣猴哥孙悟空。
西游记原著在他制服孙悟空师兄弟时写道：那老妖把头摇一摇，左右八个头，一齐张开口，把行者、沙僧轻轻的又衔于洞内，教：“取绳索来！”他有九个头，直接一招秒杀孙悟空，毫不费力，西游记中有如此大神通的恐怕只有他九灵元圣了。所以九灵元圣堪称西游记中最顶尖的妖怪之一。
2、金翅大鹏雕
金翅大鹏雕如来佛祖的小舅子，他与文殊菩萨的坐骑青狮精和普贤菩萨的坐骑白象精一起下界为妖，在狮驼岭占山为王，危害人间，作恶多端，吃光了狮驼国所有人，犯下了滔天罪行。他与青狮精和白象精又捉走唐僧，一心想吃唐僧肉恶贯满盈。
他与青狮精和白象精曾经弄得孙悟空相信了假消息，以为唐僧被吃掉了，精神崩溃，号啕大哭，认为唐僧被吃掉，取经失败了，还萌生了退意，不想干了。金翅大鹏雕是西游记所有妖怪中唯一飞行能跟上孙悟空的妖怪，他挥翅一飞，就可赶上超过孙悟空的筋斗云。
最后他在佛教众兵马的围剿包围下被如来佛祖轻易降服，被如来佛祖收编为佛教名义上的护法，被降服后被迫皈依了佛教。金翅大鹏雕也是西游记中最顶尖的妖怪之一。
