在密西西比河岸一个名为圣彼德斯堡的普通小镇里住着一个名叫汤姆·索亚的小男孩，他是个调皮但心地善良，还有点虚荣心的孩子。他的父母早逝，便和同父异母的弟弟希德一起住在姨妈家，接受姨妈波莉姨妈的监护。汤姆又与镇上另外一个孩子哈克贝利·费恩成为了好朋友。
有一天两个孩子约好晚上一起去墓地探险，来试试胆量，却意外目睹了一起谋杀案。他们看到医生鲁滨逊、恶棍印江·乔伊和喝醉的莫夫波特在混战。在混乱的厮打中，印江·乔伊把医生杀死了，然后又嫁祸于被打昏的波特。汤姆和哈克吓坏了，立下血誓决不泄密。
波特被捕后汤姆十分内疚，经常去看望他。在此期间汤姆事事不顺，喜欢的女孩贝奇·撒切尔和他赌气不再理睬他，姨妈也总是呵斥他，他觉得没有人关心他了。于是汤姆、哈克和村上的另一个孩子一起乘小船前往另一个海岛。可没过多久他们发现镇上的人都以为他们淹死了，正在搜寻他们的尸体。汤姆晚上悄悄回到姨妈家，发现波莉姨妈这为他的“死”悲痛欲绝。汤姆觉得十分惭愧，最终他们三个人在大家为他们举行葬礼的时候回来了。
夏天来临汤姆感到更加不安，因为法官将对波特的罪行做出判决。他不忍心让一个无辜的人被判刑，最终战胜了恐惧与自私，指证印江·乔伊是杀人凶手，可凶手还是逃走了。
后来汤姆和哈克偶然发现印江·乔伊有一大笔不义之财，但只是不知道，他把钱藏在了哪里。于是汤姆想了一个主意：寻找宝藏。在贝奇和同学们外出野餐时，哈克得知乔伊要去加害道格拉斯寡妇，因为她的丈夫曾经送他进过监狱。幸亏哈克及时报信，才避免了一场悲剧的发生，可是印江·乔伊再一次逃之夭夭。
这时汤姆和贝奇在野餐时走进了一个山洞。因为洞太深而找不到回来的路被困在里面，他们在山洞里再一次遇见了乔伊。村民费尽周折救出汤姆和贝奇，然后封死了山洞。后来汤姆告知村民乔伊还在洞里，当大家在找到他时，他已经饿死在山洞里了。
汤姆和哈克再次回到山洞里，找到了那笔宝藏之后，哈克和汤姆平分了宝藏，并把自己的那份交给贝奇的父亲撒切尔法官保管。最后好心的寡妇还收养了哈克。
