1、按细菌形状分类：
细菌具有不同的形状，并可根据形状分为三类，即：球菌、杆菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）。
2、按细菌的生活方式来分类：
分为两大类：自养菌和异养菌，其中异养菌包括腐生菌和寄生菌。
3、按细菌对氧气的需求来分类：
可分为需氧（完全需氧和微需氧）和厌氧（不完全厌氧、有氧耐受和完全厌氧）细菌。
4、按细菌生存温度分类：
可分为喜冷、常温和喜高温三类。
5、按细胞壁的组成分类：
细菌的结构十分简单，原核生物，没有成形的细胞核，没有膜结构的细胞器例如线粒体和叶绿体，但是有细胞壁，有的细菌还有鞭毛和荚膜。
6、根据细胞壁的组成成分分类：
细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。
