基熏自杀阻止了第四次冲击。
李林之王源堂将朗枪和乌枪中的一把调包，让基熏以为拔出两把枪便可实现中二男的梦想。哪知道拔出枪后，自律型的Mark.06（其实就是自动型），已经被NERV使徒化，成为12号使徒。同时13号机已经不受基熏和中二男的控制，眼睁睁看着13号机吞噬使徒的Core，第四次冲击前序开始。
为了阻止第四次冲击，基熏不得不自杀。其中Mark.09为了保护第四次冲击，与Wunder大战，然后被二号机改自爆毁掉。至此SEELE的几枚棋子全部完蛋。俩老头看爱人计划终于就要没有障碍了。
剧情简介：
战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。从众人口中真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化，明日香告诉他，EVA的驾驶者受到EVA的诅咒，是永不会变化的。
另外真嗣又得知，初号机中获救的仅得他一人，而他奋力从使徒手中救出的绫波丽并没有在初号机的驾驶舱里，不能接受这一事实的真嗣，更得知他再也不需要驾驶EVA，并被迫戴上炸弹项圈，只要他想离开战舰或登上EVA，美里就会引爆炸弹。听到这一切后，真嗣继续抑郁。
