剧中对“红色药丸”的定义给出了解释：在1999年的电影《骇客帝国》中，主角尼奥要在红色药丸和蓝色药丸间，二选一。若服下蓝色药丸，尼奥将活在幻觉和愚蠢的消遣之中，而他因为服下了红色药丸，能清新意识到现实的真相，摆脱了邪恶者的利用。即“红色药丸”意味着一份“世人皆醉我独醒”的清明。
假定今天之前你一直生存在虚拟世界中
现在放在你面前的有两颗药丸，红色药丸和蓝色药丸。选择红色药丸，幻境结束，欢迎你来到真实世界。我不能保证你什么，我唯一能保证的是，你看到的都是真实的。
选择蓝色药丸，你会忘记今天发生的一切，回到虚拟世界继续你的生活。注意：只能选一次。如果是你会怎么选？尼欧选了红色药丸。Neo,TheOne.那一个，救世主。
关于《黑客帝国》
1999年，《黑客帝国》横空出世，站在世纪之交遥望200年后。那时候人类光辉灿烂的文明不复存在，电脑人靠着母体繁衍新生，统治世界。在那里每个人都生活在既定的生活轨迹中，被系统控制，在虚拟世界中，更新换代，生老病死。
这里的人在系统的控制下，通过电脑波感知一切，情感，情绪，物质精神，全部的一切都被统治者简化为电脑讯号。仅存的人类被逼到世界角落，在真实而残败的世界里，活着，战斗。还在战斗着的人们，也会找到那些觉醒的人，为他们送去选择药丸的机会。
当然有人后悔，就连尼欧都有过这样的念头。甚至在第二部《黑客帝国·重装上阵》里，内部出现了叛徒，为了回到虚拟世界中而出卖大家。叛徒知道回到的世界是虚拟的，可是那里绚烂多姿，便无所谓真假。
何况真假本来模糊，假作真时真亦假，一块鲜嫩多汁的虚拟牛排，看起来是真的吃起来是真的，为什么它就不能是真的呢？一切都是选择。墨菲斯选择相信，崔妮媞选择爱，尼欧选择真相。
电影另一个重量级正面人物，伟大的先知。她预知一切并为弱势的人类提供指点，但看上去无所不知并没有让她变得无所不能。相反正因为她视野广阔而变得愈加攻防脆弱，知道的越多越能感知到自己的无能为力。
而区别只在于她做出了选择，她选择拯救世界，不计代价，就像尼欧做的那样。贯穿三部曲的还有一个问题，尼欧到底是不是救世主。从结果来看尼欧是的。那么一个新的问题出现了。
是因为墨菲斯等人，包括后来尼欧自己也相信他是救世主，他才成了救世主。还是因为尼欧本身就是救世主，才让那么多人坚信他就是救世主。电影到最后其实也没有给出一个明确的答案，倒不是电影的态度暧昧，而是那已经不重要了。
他们相信他们选择相信，这就够了。尼欧选择战斗，一直战斗下去，伙伴们选择相信他，并一起战斗下去。
跟选择相关的还有另一个词，命运。第二部里占据很大篇幅的开锁匠，在成功打开母体之门后牺牲。临终前开锁匠非常坦然，这是我存在的理由，如今使命完成，这（牺牲）是我的命运。
看上去非常“工具人”，但是回头想想，一切依然是因为他做出了选择，从他回答中可以看出，他是可以选择一条更保险的路，跟系统站在一边的，但是他没有，它选择发挥自己的天才。
选择、命运，倒推下去还有一个词，因果。因为尼欧发现了系统漏洞开始查探，所以墨菲斯发现了他，选择相信他。因为尼欧选择了红色药丸，留在了真实世界，而开始了为人类而战。先知选择跟他们站在一起，崔妮媞选择相信尼欧相信爱。
结语
第三部里因为选择而失去旧的皮囊换了一副躯体的先知跟大魔王对峙。大魔王：你早就知道。先知：不，但我选择相信。所以红色药丸和蓝色药丸，你选啥
