1、对人体的伤害
反对转基因食品的人涉及范围较广的各种利益集团，从绿色和平组织到农场主协会到基督教会等等，他们的反对意见集中在三个方面：
转基因违反自然，因而是有害的。支持派则反驳说，现今的各种庄稼早已不是原始品种，否则人们吃的蔬菜就该跟动物吃的草一样。
植物里引入了具有抗除草剂或毒杀害虫功能的基因后，它们所提供的食物对人体是否安全，对这一点，支持派强调，迄今为止并无够资格的研究机构发现转基因食品危害人体健康的证据，但他们对长远的影响还只能作推论，一时难以取得全面的证据以服人。
推广抗除草剂的转基因作物可能助长农民过量使用除草剂，从而使一些非主要作物受到伤害甚至灭绝。很多发展中国家的农民一直把这类非主要作物当作补充食物或作为饲料。美国渔类和野生动物管理署已发现有74种植物品种受除草剂影响而濒临灭绝。
2、对环境的污染
转基因技术有可能造成生物污染。有的生物技术公司为了保护自己的知识产权，对销售给农民的转基因种子作了“绝育”处理。印地安那大学生物系副教授玛莎·克劳奇的研究表明，这种绝育基因有可能在无意中使其他作物也变成不育。
3、对其他植物品种的危害
有特殊功能的基因“流窜”到相近的野生植物品系中去，使之具有抗除草剂的能力而难以控制；或者使害虫体内产生抵御杀虫剂的抗体。另外有些小生物吃了具杀虫功能的转基因植物可能灭绝。
支持派则指出，农业生产本身是一种有损环境的活动，转基因作物对环境的损害不会比传统农业更大。植物自身具备了抗虫能力，农民可以减少喷洒杀虫剂，对环境和生物保护是有利的。
扩展资料
优点
转基因食品有较多的优点：可增加作物产量、降低生产成本，增强作物抗虫害和抗病毒等的能力，提高农产品耐贮性，缩短作物开发的时间，摆脱四季供应，打破物种界限，不断培植新物种、生产出有利于人类健康的食品。
缺点
转基因食品也有缺点：所谓的增产是不受环境影响的情况下得出的，如果遇到雨雪的自然灾害，也有可能减产更厉害。同时在栽培过程中，转基因作物可能演变为农田杂草；可能通过基因漂流影响其他物种；转基因食品可能会引起过敏等。
