蛋壳颜色取决于遗传和产卵的环境。
鸡产蛋在草堆里，颜色接近草色；鸭产蛋在水边，颜色接近水草；鹌鹑蛋位于杂草和乱石中，因此蛋壳斑杂。
蛋壳色素的形成:蛋壳颜色是子宫中腺体分泌和沉积色素的结果，这种色素称为棕色素，是蛋壳外面釉质层的构成成分之一，在蛋产出前4～5h形成。当卵通过子宫部粘膜时。管腔扩大由于子宫壁平滑肌的收缩，使卵转动，其上皮粘膜的分泌物均匀涂布在卵的表面。子宫粘膜为假复层柱状上皮，由具有纤毛的顶细胞和分泌细胞组成，顶细胞与钙的分泌有关，分泌细胞与分泌蛋壳釉质层有关，固有膜内分布有管状腺，直接开口于管腔。关于蛋壳色素的生物合成途径和机理很复杂，据禽类生理学资料介绍，其化学成分为棕色素卟啉，来源于血红蛋白分解物，即与衰老、受损和形态异常的红细胞的破坏有关。当红细胞在肝、脾和其他部分的网状内皮系统被吞噬破坏后，释放出血红蛋白，很快就被分解为珠蛋白、胆绿素和铁。其中珠蛋白和铁可重新参加体内代谢，唯有胆绿素被还原为胆红素，经血液转运至肝脏后结合生成葡萄糖醛酸胆红素，随胆汁排入十二指肠，大部分作为废物随粪便排出体外。还有小部分又被肠道重新吸收，经血液入肝或转送至输卵管等部位，作为合成蛋壳色素的原料。因为红细胞衰老破坏连续不断进行，这种色素原料不会缺乏，而能够源源不断地由上述分解物满足，而后，再经子宫腺体细胞内多个分解合成酶的作用，形成褐色蛋壳色素。
蛋壳颜色变浅的原因：目前，全国各地饲养褐壳蛋鸡的数量较多。一些饲养该类鸡种的鸡场反映，鸡群有时发生鸡蛋壳色变白、变浅不一或出现色素斑块，并伴有蛋壳质量不良的问题。
