存在的隐藏剧情主要有以下四条
1、红发海贼团的干部拉其鲁拿出恶魔果实图鉴在路飞面前，可见这个设定尾田早在作品刚形成时就已确立。果实图鉴的存在带来的问题是，这看似与世界上不存在相同能力的果实相矛盾了，但是图鉴的存在却说明了记录在图鉴上的果实是被人吃过的，因为能力并没有刻在果实上面。
2、第九鬼人阿金在山治篇从始至终都表现出不是反派，只是投错了主人。同理对阿拉巴斯坦公主薇薇的回归也充满期待，她可能是路飞的伙伴。
3、磁鼓国灭国事件这个事情很蹊跷，这个事件，黑胡子海贼团貌似只是把整个国家打败，却并没有对生命财产带来太深重的破坏，否则那个国家也不会有很多人认这反而是一件好事了。
4、红发与鹰眼的过去路飞的第一次悬赏时，鹰眼找红发说路飞通缉之事，他们的对话说明两人不是一次两次的决斗，只剩下一只手则说明了一只手对于红发的实力的确是很大的损失。
