作为一名科学家，达尔文不想在自己的任何方面留下漏洞，即使婚姻也是如此。达尔文从小就对表姐艾玛·韦奇伍德情有独钟。艾玛·韦奇伍德是达尔文舅舅的女儿，也是著名陶器设计家和制造者乔赛亚·韦奇伍德的孙女。她长得非常漂亮，而且聪明伶俐，非常有学识和教养。艾玛比达尔文大9个月。
但是达尔文不想仓促地结婚。因此他在1838年夏末，也就是搭乘“猎犬号”前往南美洲西部群岛加拉帕哥斯进行5年考察之旅后的第三年，利用自己研究的科学方法，分别在19页羊皮纸上详细列举出赞成和反对结婚的数个理由，然后与身为医生和金融家的父亲罗伯特逐条进行讨论。
最后达尔文终于说服了自己，与从小青梅竹马的表姐喜结连理。
结婚的好处
在赞成结婚的理由中，达尔文列举出了如下条目：1、孩子(如果上帝愿意的话)；2、一生的伴侣(老年时的朋友，谁会对一个人感兴趣呢？)；3、无论如何比狗更好；4、家庭，有人照料房子；5、美妙的音乐、与女性聊天，这些事情有益一个人的健康。
达尔文写下了这样的话：“上帝啊，像一只工蜂那样，一直工作、工作、再工作地过完一生，简直令人无法忍受。那种一个人整天生活在烟雾缭绕、肮脏的伦敦房子里的生活，更让我无法忍受。想象一下与温柔贤惠的妻子坐在沙发上，烤着温暖的火炉、读书或者听音乐，是多么惬意。性渴望让人口水交流，当然有性的爱大概需要通过唾液流动联系起来。
不结婚的理由
关于不结婚的理由，达尔文列举出了如下：1、可以自由前往任何喜欢去的地方；2、可以前往俱乐部与聪明男人交谈；3、不用被迫去访问亲属，不必耽于琐事，晚上甚至不能读书；4、肥胖、懒散、焦虑以及责任，5、如果许多孩子分享一个面包，可能没有钱买书。6、如果工作太多，可能有损人的健康。
另外达尔文还非常担心婚后妻子不让他继续留在伦敦工作。他写道：“或许我的妻子不喜欢伦敦；对于我来说这可能就意味者被放逐，或者成为一个懒惰、游手好闲的白痴。”
后记：近亲结婚酿苦果
最终达尔文得出结论：“一个人不能过孤单的生活，整天看着自己；老年时依然醉生梦死，没有朋友，没有孩子；不用担心，相信运气，保持留神。”至此，达尔文已经做出最后决定：像艾玛求婚。
1939年1月29日，在达尔文被授予英国皇家协会会员的巨大荣誉五天后，达尔文在出生地萨洛普郡举行了婚礼。当天晚上他们乘坐火车前往位于伦敦中部的棕榈别墅。
尽管达尔文事业上也取得了辉煌的成就，与表姐艾玛的婚姻也十分甜蜜，但是结的果却是苦涩的。婚后艾玛生了6男4女，计10个孩子。但是没有一个孩子身体健康：两个大女儿未长大就夭折了，三女儿和两个儿子都终身不育，其余的孩子也都被病魔缠身，智力低下。
达尔文对此百思不得其解，直到晚年研究植物进化过程中发现，异花授粉的个体比自花授粉的个体，结出的果实又大又多，而且自花授粉的个体非常容易被大自然淘汰。这时他才恍然大悟：大自然讨厌近亲婚姻。这也就是他与表姐婚姻的悲剧所在。
