HPV二价、四价和九价疫苗主要的区别是覆盖的病原体种类不同、接种程序不同、适用的年纪不同。
1、覆盖的病原体总类不同
二价疫苗主要能预防高危型HPV病毒16和18型两种，四价疫苗可预防HPV16、18、6、11型四种病毒；九价疫苗在四价疫苗的基础上又增加了5种病毒，分别为HPV31、33、45、52、58。
2、接种程序不同
国产二价疫苗在14岁之前接种两次即可，分别为0、6月，15~45岁接种三次，程序为0、1、6三个月；进口二价疫苗接种程序为0、1、6三次。四价疫苗和九价接种程序均为0、2、6三个月。
3、适用的年纪
二价和四价疫苗适用于9~45岁之间，九价疫苗适合于16~26岁之间。接种HPV疫苗后注意休息，戒烟戒酒、注意饮食清淡，接种后有轻微不良反应，如疼痛、红斑、瘙痒等，一般2~3天不良反应消失。
