原因如下：
1、人物刻画
说到动漫作品好不好，一个角色的人设刻画得好不好，是决定这部作品能不能成功的一个很重要的因素。但是在命运石之门中很多没看过多少的朋友觉得这部作品的人物刻画得很失败。
从一开始的无厘头中二男主，毫无特色的真由里，极具真实的肥宅桶子，甚至前面出现的天才少女红莉栖，给人的印象都不深刻，甚至很平淡。
前面的平淡以及毫无特色，其实都是为了后面的剧情而故意如此设定的。如果能看完的全系列命运石之门的朋友，就会发现，这个一开始中二得跟傻子一样没救的凤凰院凶真，才是整部戏里的精髓。
2、剧情逻辑
关于这个小编个人觉得这是我洗不了的，但命运石之门的特点就在于这一点，称它为神作的原因也很大一部分是因为这点。他并不是一部以放松为主的动画，反而需要一定的理解能力，对于每次的世界变动带来的前因后果是需要去想的，理清思绪的。
剧情简介
没有任何一条世界线是徒劳的，这些全部是通往命运石之门必不可少的环节。
动画23集的那封视频邮件，是无数条世界线的胸针，用了无数个十五年的努力和牺牲换来的，绝对不是强行大团圆结局，前面的所有铺垫和线索，都是为了最后的结局，正是因为有了这样的结局，这部作品才能得以升华。
而第二十四集看完后再回头细看第一集才发现，原来所有的谜团都解开了，那种首尾呼应的奇妙感觉让观众彻底被这番征服，明明是科学幻想系列的游戏改变的动漫，却能把日常推理悬疑燃和感动等多元化融为一体，在这个日漫越来越糟粕的时代此作的确能封神。
另外作品的音乐也是非常棒，歌词和剧情吻合之下直接触达人心，动画的音乐如此，游戏的音乐同样如此。
