区别如下：
1、特效不同，闪光精灵出现可以看到【野生的XX出现了】字样，并且有宝可梦发光的特效。另外闪光宝可梦出现时自带方块或者星星特效。如果是孵化出来的闪光宝可梦，也会有星星特效。
2、几率不同，闪光精灵随机概率是在几万分之一，当然也有可能在较短时间抓获几只，而普通精灵的捕捉几率要大很多。
3、时间不同，闪光口袋妖怪是在第二世代引入的，而普通精灵要更早一些，每一只精灵都有自己的闪光形态。
长效的玩法是玩家的劲敌总会选择属性上克制玩家的最初拿到的宝可梦。例如若玩家选择了火属性的小火龙，劲敌就会选择水属性的杰尼龟。
由于仅能使用一般属性技能攻击而无法利用属性弱点作战，这一选择并不影响二人的初次战斗。例外同样发生于《宝可梦皮卡丘》，劲敌选择了一只一般属性的宝可梦伊布。
但是在《宝可梦黑·白》中出现了两位劲敌，两人会分别选择属性上克制主角和被主角克制的最初拿到的宝可梦。
