剧情分集介绍：
第1集
晨曦未露六岁玄烨已在冰天雪地之中，赶往蒙馆读书，但仍迟误了半个时辰，帝师魏承谟鞭责陪同玄烨念书的儿子魏东亭。顺治皇帝下旨，令众皇子廷试，并视廷试情况奖罚师徒。其实此举乃是顺治有意向佛，挑选接位之子，并请僧人行森大师相助。
第2集
宫内太监准备将苏麻喇姑活埋，幸亏孝庄太后赶到，加以阻止，并令苏麻喇姑出宫。顺治为鄂贵妃和玄烨病情所困，向佛之心日重，久疏朝政，令大臣万分着急。在行森的建议下，顺治为鄂贵妃举行佛法道场，宫廷内弥漫氤氲佛声。全国四方急奏高积，众大臣无奈之中，闯入道场，企图劝驾。
第3集
顺治终于给索尼开了门，并说日出之前决定归宿。众大臣遂相告孝庄太后。孝庄太后令索尼寻找行痴师爷玉林秀，请他收治行痴，并对宫廷防备作了安排。
第4集
玉林秀厉责行森，说劝诱皇帝出家，必将引起宫廷震怒，殃及佛门，但行森力辩，死不改意。顺治有意禅位玄烨，问玄烨敢不敢做皇帝，玄烨态度坚决。
第5集
康熙即位仪式，本由帝师魏承谟司仪。但鳌拜等权臣以魏承谟是汉人为由，提议应由满人吴良辅即鳌拜的干儿子执掌，孝庄皇太后为了稳定政权局势，只好妥协，改由吴良辅主持皇位登基，并封鳌拜、索尼、遏必隆、苏克萨哈等四人为侯爵，主持朝政。
第6集
鳌拜得寸进尺，向孝庄皇太后提议改换帝师，称魏承谟告他圈地乃是诬陷，孝庄皇太后为大局计，准鳌拜所请，同意鳌拜提议的帝师人选，但同时又要鳌拜提议魏承谟出任外省巡抚。
第7集
康熙询问济世自己才学如何，济世说只及秀才，望在两年之内达到进士水平。康熙决定匿名参加科举考试，遂勤奋攻读。考子伍次友困饿于旅店门口，被明珠相救。
第8集
科举应试之日，伍次友以自拟试题“论圈地乱国”最早交卷，康熙也在另室隐名应考。进土放榜以后，康熙榜上无名，万分懊丧。苏克萨哈来报，请康熙御点进士头三名，康熙始发现自己化名的卷子高中三甲，济世愧然请辞帝师。
第9集
朝政之上鳌拜威逼有加，康熙无力控制局势，只好逮捕苏克萨哈。孝庄皇太后回京以后，严斥康熙。鳌拜、遏必隆、班布尔善面见孝庄皇太后，故作自责。
第10集
朝政之上索尼主张康熙亲政，鳌拜虽反对但也不敢肆意嚣张。康熙故意三辞，最后在众臣的一片拥戴声中，开始亲政理国。赫舍里回索府，索尼告戒孙女要谨慎从事。
第11集
六人举行手迹表决，除鳌拜写的是“隐”之外，其他五人写的均是“废”，鳌拜决定废君。康熙又向伍次友求学，苏麻喇姑对伍次友日益爱慕起来，为他缝了一双新鞋。
第12集
鳌拜密探报告康熙经常与伍次友来往，班布尔善提议将康熙杀死在伍次友寓处，然后嫁祸于伍次友，此刻，康熙来访，鳌拜佯病迎出。
第13集
危急之际吴六一率军赶到，与班布尔善展开血刃。康熙思索再三，方才走出大殿，上朝。康熙令遏必隆审理鳌拜案件，并令在魏东亭身边的卧底现身，称赞魏东亭是位忠臣。
第14集
苏麻喇姑终于开门之后，已将头发剪了许多，孝庄皇太后也无奈，下旨给她新建一座尼姑庵，让她永久居住，带发修行。朝政之上康熙让念朱国治上奏弹劾吴三桂之折，群臣沉默谨慎；后又让念吴三桂上奏弹劾朱国治之折，诬陷朱国治拥兵自重，割据一方。
第15集
康熙来到狱中，欲杀朱国治，但说杀他并非因他诬陷吴三桂，而是为给国家争取两年稳定，以后定当给他昭雪，子孙受封，朱国治慨然赴死，康熙却下令释枷，说杀忠臣自己岂非昏君，并下旨命朱国治为云南巡抚，以牵制和监视吴三桂。
第16集
三藩正商议撤藩之事时，假称朱三太子的杨起隆来访，鼓励“反清复明”，被吴三桂拿下，后又被吴三桂故意放走，以便利用杨起隆对付朝廷。黄敬密报杨起隆，康熙要出京。吴三桂向朝廷修书一封请辞，背后又大动军事。
第17集
康熙将错就错，令魏东亭查实情况，处死周云龙，然后再给他哀荣。王辅臣晋见康熙，康熙对他晓之以礼，并封他为山峡大将军，统领军队，他的儿子留京陪侍。
第18集
吴应熊修书吴三桂，说明康熙已定撤藩，但内部仍有歧议。新任云南巡抚朱国治拜见吴三桂，宣读康熙同意吴三桂请辞的圣旨，吴三桂表面表示尊旨，并处斩拒不同意撤藩之下属，还向朱国治家中送礼。
第19集
朱国治向吴三桂传达朝廷同意撤藩所用钱粮额度奏折，吴三桂交出平西大印，并称履约撤藩日期。吴三桂去信吴应熊，叫他离京回滇。吴应熊决定暂不离京，以麻痹康熙，并与杨起隆相见，捐钱资助杨起隆起事。
第20集
康熙怀疑宫内有杨起隆乱党卧底，因此故意鞭责太监小毛子，让他混入乱党卧底。吴三桂兵力对准朱国治，封锁关隘，准备起事。朱国治请钦差大臣速赴京城向康熙报告吴三桂起兵一事，自己拒绝逃逸离滇。
第21集
魏东亭紧急来到眠月楼，紫云已在康熙怀里死了。小毛子报吴三桂已经反叛，康熙不信，并令其拿着他的信物去告诉杨起隆，说康熙已被毒死。
第22集
小毛子从牢狱逃脱。孝庄皇太后厉责康熙，要他振作起来，杨起隆乱党闯入宫内，宫内太监造反，与朝廷将士激战，威胁康熙与孝庄皇太后的安全。
第23集
周培公与副将图海率军势如破竹，很快灭了察哈尔王叛军。解除朝廷危机后，又挥师西南直逼吴三桂叛军。
第24集
康熙接到福建军情危急汇报，心中十分忧虑。康熙与病危的周培公相见。康熙向周培公坦言把他贬到盛京缘由，并说这次出巡的目的之一是为了安抚蒙古各族首领，同时想重用周培公攻打台湾。
第25集
康熙为了打击姚启圣的傲气，将他投进大牢，令大阿哥胤禔前往福建前线，担任副将。姚启圣在牢内，康熙不准任何人跟他说话，把姚启圣憋得要命。
第26集
康熙叫姚启圣坐到自己车上。姚启圣嗜书如命，偷了康熙一本书勤读。康熙斥责姚启圣张狂，轻视满清，并表示愿意与他讨论汉族文化。姚启圣自责称康熙是圣君，学问可比一代宗师。康熙回到京城，把书赐给姚启圣，姚启圣感动不已。
第27集
孝庄希望能够满汉通婚，让阿哥、格格与汉族联姻，化敌为友。康熙误掀慧妃的牌子，发现后改去容妃处，慧妃满心不快，怨责太监李德全，但无奈只好半途回去。
第28集
康熙接到郑经要求谈判来函，令明珠赴台谈判，并定下剃发、称臣、登岸三个原则。从姻亲和军事历史背景上看，福建总督姚启圣的妹夫为清东阁大学士（宰相）署兵部事的潘湖叟黄锡衮；而分管兵部的阁臣潘湖叟黄锡衮的妹夫是福建水师提督施琅。
第29集
施琅到京晋见康熙，康熙封他将军提督一职。施琅提出不愿与姚启圣为伍，康熙赏他一道密折。宝日龙梅来到京城，直闯王府，胤禔怒打了前来追捕宝日龙梅的葛尔丹官兵。
第30集
为了节约开支，容妃提议后宫撙节用度，请慧妃主持此事，康熙恩准。在分管兵部的东阁大学士（宰相）潘湖叟黄锡衮的支持下，施琅的真知灼见打动了康熙和朝中大臣，姚启圣在众将士面前给施琅树立威信。
第31集
康熙称不让宝日龙梅留在身边是不想为任何人利用，但他一定会剿灭葛尔丹，并恩施宝日龙梅留在苏麻喇姑身边。胤禔万分沮丧。蓝齐儿送李光地赴闽就任，又与葛尔丹相遇。
第32集
洞庭水师全军挫败，但施琅得胜归来。康熙下旨索额图回京。姚启圣上奏请罚，康熙准其回家丁忧。姚启圣离职之前，给康熙上了一折，称攻台之前曾给康熙上过三道急疏，康熙并未收到，大为震怒，下旨彻底清查，兵部经办官员引咎自尽，保护了幕后主子。
第33集
明珠与郑经使者冯锡范讨价还价，初步达成招抚条件，但最后冯锡范提出郑经要三年以后才能登岸，得寸进尺，康熙下旨向郑经开战。姚启圣重被启用。
第34集
蓝齐儿向孝庄太皇太后哭诉，孝庄讲述自己经历，称女人为了大清国必须做出牺牲。蓝齐儿说父皇一定会在今后消灭葛尔丹，她该如何对待。
第35集
康熙出巡南京，途中接到福建来报，请求攻台时间推迟一日，康熙下旨必须按原定日期收台。姚启圣称这是康熙为了重阳节那一天在明孝陵宣布平台，以便收服大明遗民之心。
第36集
葛礼亲自率兵到栖霞寺找寻银两，三门大炮也找到，魏东亭称也将栖霞寺银两作军饷，但杨起隆逃掉了。康熙因魏东亭渎职进行处罚，给他两条出路，魏东亭选择了去台澎当知县。
第37集
索额图揭穿家中蔡总管卧底身份，蔡总管自尽。在官吏任用上，明珠也向李光地拉拢施压。李光地往访苏麻喇姑，倾诉心中苦恼，称本想做一个博学鸿儒，不料陷入了官场，而且左右夹缝，险象迭生，并称他的老师是伍次友，勾起苏麻喇姑无限感慨。
第38集
葛尔丹将康熙的圣旨和所赐礼物付之一炬。康熙亲自率军征讨，宝日龙梅也要参战，康熙阻止，下旨宝日龙梅不准离开京城。
第39集
葛尔丹兵分两路朝康熙大营逼近。康熙自觉可能无法回到京城，留下遗诏，欲立胤接位，明珠极力劝阻，称胤在京散布谣言，急欲登基。康熙急火攻心，病情更重。
第40集
胤在康熙面前称自己过河激战之后，被大水冲走。康熙称这次亲征大挫葛尔丹，将来仍要御驾亲征。索额图告诉胤，称康熙班师回京，可能要使你我陷入险境，全是明珠、胤告的御状。
第41集
康熙整顿吏治，令大臣上奏弹劾违君之臣。康熙把弹劾明珠等朋党的奏章推到他们面前，恩威并施。康熙令李光地也上奏章，并令其对两封匿名弹劾索额图勾结朱三太子，密谋炮轰康熙与胤曾被葛尔丹捕获的奏章进行清查。
第42集
康熙决定御驾亲征剿灭葛尔丹，容妃提出随营侍驾，孝庄皇太后认为宝日龙梅也应同去出征，并希望康熙能将蓝齐儿带回京城。张廷玉称明珠在牢里仍忙于公务，明珠称自己有错但无罪。
第43集
陈廷敬病逝。张廷玉运粮到漠北，向孝庄皇太后辞行。孝庄令他到苏麻喇姑处。苏麻喇姑给康熙写了一封信，称自己一生只真正爱过一个人，那就是弟弟玄烨。
第44集
葛礼劝说朱三太子密杀康熙。康熙在草原上举行庆贺胜利欢宴，并与宝日龙梅在草原上畅游，发生情爱，宝日龙梅回到蒙古旧部。朱三太子来袭康熙大营被歼，康熙见到战死的朱三太子和葛礼。
第45集
康熙问胤礽索额图弑君一事，胤礽承认曾与他密商过，康熙称以后不会提起此事。康熙废除太子胤礽，胤礽当庭晕倒，容妃以孝庄皇太后之遗旨反对废太子，慧妃称孝庄皇太后不曾有此遗旨，康熙下旨将容妃押下，剥夺贵妃身份。
第46集
“千叟宴”外，容妃挑夜洗马桶，终被马桶压死，但她的内心是最洁净的，与那些为了政治利益尔虞我诈的人相比，她一点都不脏。康熙心中悲痛，又心怀愧疚，传旨追封容妃为皇后。
魏东亭对康熙称，想不到皇上会封这位皇子为接位之人，说完病逝。朝政之上康熙即将宣布“立储”遗旨，却猝死在龙座上，走完自己辉煌的一生。(全剧终)
