一共六章分别如下：
第一章：绪(幻影之城)。
第二章：累(净化迷雾之力→死亡迷宫→死而无憾)。
第三章：缘(光之柱→白暗→剧痛)。
第四章：纠(巨人→黑塔)。
第五章：绝(东京塔)。
第六章：线。
背景设定
在《幽灵线：东京》的世界里，东京被致命的超自然力量和毒雾所笼罩，城市里的人类几乎瞬间消失殆尽。在这场独一无二的冒险中，玩家需要逐渐掌握空灵的神秘力量，不断成长，击败来势汹汹的般若，及追随而来入侵东京的异访者。
玩家在游戏中将探索为超自然之力所扭曲的不一样的东京，从超摩登城市景观，到黑暗的幽深巷道和古老雅致的寺院。玩家还将探索涩谷十字路口、东京铁塔等标志性的地标，体验民众消失后时间停止的街道，深入光怪陆离的地下世界，拯救家人的同时那些来自日本传说和民间怪谈里的角色也将一一登场。
