宠物小精灵改编自宝可梦系列游戏，以关东地区真新镇的小智与伙伴皮卡丘为主角，讲述了他们在神奇宝贝世界的各个地区冒险，以成为神奇宝贝大师为目标的故事。
新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉强又喜怒无常又不喜欢进入精灵球的皮卡丘，小智离开了家乡真新镇，在关都地区展开他的旅程。
在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加宝可梦联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。
参加石英大会后，小智受大木博士委托启程前往橘子群岛，从内木博士那里取得GS球，小刚暂时留在内木博士那里。
旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到宝可梦观察家小建，便与他一同旅行。回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁先生。后参加了宝可梦联盟－城都联盟的白银大会。
