注： 按作品中的时间排序，并非按剧集顺序。包含对作品的剧透，请谨慎阅览。TV集数剧情-宫野厚司与宫野艾莲娜结婚，进入黑衣组织，参与APTX4869的研究，生下宫野明美与宫野志保，后“意外死亡”。志保到美国留学，之后回到日本继续APTX4869的研究。黑衣组织杀手贝尔摩德杀害了一直在调查组织的FBI探员茱蒂·斯泰琳的父亲，并放火烧了茱蒂的家，年幼的茱蒂幸免于难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。小茱蒂对贝尔摩德所说Asecretmakesawomanwoman”印象深刻。女明星莎朗·温亚德（即贝尔摩德）和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一学习易容术并成为好友。307-308龙舌兰找到板仓卓，命令他开发一种系统软件，但遭到拒绝。黑衣组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。286-288毛利兰在纽约遇到追捕银发杀人魔的赤井秀一，又在废仓库遇到逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔想将工藤新一和兰灭口，因栏杆断裂而从高处掉落，被二人所救。事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。（被兰所救的银发杀人魔为贝尔摩德假扮，自杀的银发杀人魔为贝尔摩德所杀）-莎朗假造了自己的死亡，以女儿克丽丝的假身份继续生活下去。
1、
2、 4新一在兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小，后将此事告知阿笠博士，并决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学，成为少年侦探团一员。552漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。43工藤夫妇得知柯南身份。48-49服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。54柯南偶遇龙舌兰，但龙舌兰随即被炸死。57-58服部平次得知柯南身份，二人开始合作。128-131宫野志保的姐姐宫野明美被琴酒杀害，宫野志保服药变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学，之后还透露组织半个世纪前就已经策划某个大计划。176-178组织成员皮斯克在杯户饭店发现灰原身份，后被柯南所救，而皮斯克因办事不力被琴酒枪杀。贝尔摩德初登场，事后息影并在日本定居下来。170-171柯南解决新出智明的父亲被杀一案。-长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。-贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，但新出被FBI暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出的身份。226-227茱蒂首次登场并与柯南相识，并发现他非同一般。230-231少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。赤井秀一打电话表示正在监视某人。253-254假新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。258-259柯南等人结识詹姆斯·布莱克，后来他被赤井接走，詹姆斯也发现柯南的不一般。269-270高木提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。赤井监视毛利侦探事务所。271-272茱蒂在谈话中提到了FBI；贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的志保照片投飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。277-278案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克丽丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里斯，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样。后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。284-288毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事，记起赤井和FBI同行。289-290灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。307-311小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（提到组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”），了解到组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到。329-330阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。335-336柯南和哀都被赤井秀一跟踪。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”，暗示他和哀以前就曾相识。338-339340-341哀患感冒，送医途中遇到命案，遇到兰、园子和茱蒂，赤井也跟踪而来。结局案件后博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。之后贝尔摩德将哀的照片烧毁，表明发现哀下落，并在博士家安了窃听器。博士带柯南和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，柯南在破案的同时也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的、哀的母亲留给哀的录音带，其中提到了某件惊人的事情。之后贝尔摩德打电话找组织成员卡尔瓦多斯来帮忙，正策划着某项行动。343-344茱蒂辞去了帝丹高中老师的职务。兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片。345贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让向兰开枪并叫她angel，逃脱了赤井的追捕，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。346-347灰原哀拒绝证人保护计划。361-362真正的新出医生回归。374-375385-387394-396山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一音乐世家后，得知那个的按键声的旋律为《七个孩子》，还因此推理出Boss的邮箱地址。425柯南发现水无怜奈为组织成员，并与FBI阻止了组织的暗杀计划。行动中水无受伤，昏迷不醒。429本堂瑛祐登场。462-465贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无出事的小孩被贝尔摩德询问。黑衣组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。484-485柯南和灰原哀进行调查，得到一张瑛祐父亲的照片，瑛祐及水无的身份越来越清晰了。491-504瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐、与水无长相完全相同的本堂瑛海，但两人血型不同。同时黑衣组织四处寻找水无。得到FBI帮助的水无假装昏迷不醒，被瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无为CIA的卧底也正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父亲也是CIA的卧底，已经身亡。水无答应赤井秀一重新返回组织，但是接到任务，并疑似杀死赤井秀一。507-508本堂瑛祐得知柯南身份，打算离开日本。509水无急报，组织派出了厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来名为冲矢昴的新房客。灰原哀对其产生反应。511柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。563-564疑似赤井秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及赤井秀一很喜欢喝波本酒。578-581伤疤秀一再次出现，将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。同时在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条。琴酒等人赶到，伤疤秀一在被瞄准时露出诡异的笑容，贝尔摩德带来boss撤退的命令。616-621工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且第一次向毛利兰正面表白；同时工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。646-651自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。656-657世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。667-668自称侦探的安室透登场，事件解决后自愿成为小五郎的弟子。671-674冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。675-676世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。681-683安室透为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示两人曾是朋友。684-685灰原的举动和二人对话表明，冲矢的颈部隐藏着某个秘密。690-691冲矢昴举止可疑，虽然证实脖子上无异样，但却没有说话，并众人离开后左手拿出之前藏起的梳子。世良在房间中发现了女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份，后根据柯南的叙述得知“女性线索”很可能为工藤有希子所留。冲矢昴得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”699-700世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。701-704黑衣组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。赤井确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。706安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。723安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。724-725世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。727-728兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”734柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。（受词条字数限制，后续主线剧情详见参考资料）
