奥托为首的天命组织受奥托密令抓捕1952年1月1日在德国柏林爆发的第一次崩坏爆发后的幸存者（即第一律者瓦尔特，此时已经失忆）进行实验。（也因此之后奥托秘密建立了巴比伦实验室，进行惨无人道的崩坏实验，K423实验体西琳由于对于天命的恨意和大量崩坏能的积累完成觉醒，成为第二律者。）同年10月22日，天命组织将瓦尔特送到帝国42实验室（也称天命极东支部），在那里瓦尔特遇见了爱因斯坦和特斯拉以及一位芬兰人埃利阿斯。10月23日，四人在普朗克和薛定谔的邀请下前往美国黄石公园，在野鸭湖遇见特斯拉的“宿敌”——爱迪生。一行人在抽干的湖底找到了前文明的遗迹。之后他们邂逅了女武神蕾安娜，丽塔，符华以及奥托。通过人工智能艾妲的帮助，他们破译了H.A留下的谜题，11月24日，他们找到了答案—第九神之键“伊甸之星”。此时崩坏突然爆发，爱迪生所在的实验室出现意外，瓦尔特受崩坏影响，三年前的记忆重新苏醒。天亮以后他们遇到了受崩坏能严重侵蚀的薛定谔的袭击，瓦尔特利用伊甸之星与其交战，关键时刻蕾安娜出现利用黑渊白花的力量将薛定谔唤醒。此刻所有事情开始反转，爱迪生牺牲自己通过干涉仪的力量全力阻止事态恶化，芬兰人指出幕后主使是奥托遇刺，丽塔出现偷袭奥托失败，薛定谔陷入量子化，奥托远程夺取蕾安娜的身体袭击瓦尔特一行人，此时的瓦尔特已经彻底醒悟，这一切都是奥托的阴谋并与奥托展开最终决战，在瓦尔特一行人合力击退奥托以后，天命发射了崩坏裂变导弹。为了拯救纽约幸存的人们，蕾安娜和瓦尔特牺牲了自己的生命，芬兰人的儿子约阿希姆继承了第一律者瓦尔特的身份和能力。幸存下来的科学家因此成立了逆熵组织对抗崩坏和天命。
主线剧情的逆熵并不是总部，逆熵总部即是最初的天命极东支部组建，而剧情里的逆熵机甲是由ME社（归属于逆熵）开发研制用来对抗崩坏兽的机甲军团。最初的ME社社长雷电龙马（雷电芽衣的父亲）由于经济欺诈案失踪，从而可可利亚接替他成为ME社社长。
第二律者西琳的出现，使得天命派出当时最强的s级女武神塞西莉亚（琪亚娜的母亲）前去对抗，在塞西莉亚和西琳战斗的时候，天命按下了足以斩杀律者的崩坏导弹按钮将两人一起毁灭。在当时德丽莎与塞西莉亚是最好的朋友，在德丽莎知晓了经过以后，她便怀疑天命是否和她所想的那样是为了拯救人类，机缘巧合，在与逆熵有了交集和了解奥托的所作所为之后，德丽莎开始与爱因斯坦博士进行秘密合作。
符华本是前文明神州的最强的崩坏战士—“炽翎”（原形为赤鸢），她在之后一代又一代的文明中对抗崩坏，也逐渐忘却她的记忆，她的家人朋友丹朱，苍玄，姬麟和连山，也忘记了前文明对抗崩坏的遗迹（被苍玄记录下来藏于苍玄之书中），于是她与奥托进行合作，奥托唤醒符华的记忆寻找苍玄之书并出动女武神保护神州大地，符华则暂时为天命服务。
