口袋妖怪永恒之沫在你成功挑战完一次精灵联盟后，就能进入了。二周目主要就是完成剧情，并捕捉创世神。一共有5个剧情。
到送神火山顶的白色墓碑进入打败板木，再到琉璃岛的觉醒寺完成赤木剧情；到103号路的变化洞穴里拿金刚石，玉石，光明黑暗量石，可在觉醒寺捉时间空间二神。
以上剧情后可以不用顺序，在觉醒寺二层中间看见一个楼梯，进入可捉阿尔宙斯，不要带大师球。
这一世代引入了156种新宝可梦（自比克提尼起至盖诺赛克特止）。第四世代旁支游戏《乱战，宝可梦大纷争》的续作，旁支游戏《超级宝可梦大乱战》在2011年8月11日于日本发售。
在2011年12月17日集英社举办的JumpFesta活动上的混合旁支游戏《宝可梦之信长的野望》发布，定于2012年3月17日发售。游戏采用了《信长的野望》中的战斗机制，采用了宝可梦而非人类作为对战参与者，进行回合制对战。
在2012年的E3上，第五世代的宝可梦不可思议的迷宫游戏《宝可梦不可思议的迷宫～极大之门与∞迷宫～》公布，于2012年11月23日在日本发售。
