改不了的如果要改只能用金手指，但在漆黑的魅影里面使用金手指游戏会混乱了，会导致游戏不能正常进行，而且单机游戏不用在意个体值什么的，只要配招得当个体值并不用在意。
玩家可以通过任天堂DS下屏的“C装置”进行Wi-Fi通信和红外线通信。C装置控制着游戏的无线机能：支持对战、交换的红外线通信；支持视频对话的实况转播器；支持潜入连接并与宝可梦梦境世界进行同步。
在战胜四天王并进入冠军房间后，玩家发现N已击败了阿戴克成为了新任冠军。他随即召唤自己的城堡包围了联盟，并向玩家发起挑战。
当玩家接近N时，莱希拉姆（黑）或捷克罗姆（白）在玩家面前出现，玩家需要收服传说中的龙宝可梦来与N对战。在战败后N对于自己的错误理想感到悲哀。
而魁奇思现身，揭露了自己的真实意图：借助N来保证自己是世界上唯一一个能够控制宝可梦的人，并借助宝可梦征服世界。暴怒的魁奇思挑战了玩家。
