在临床上「胃幽门螺旋杆菌」的检测方法主要有下述五种：
一、细菌培养
可经由内视镜检查时采取胃黏膜检体进行分离、接种、培养，如发现胃幽门螺旋杆菌的增殖，则可确认有「胃幽门螺旋杆菌」感染的存在，虽然细菌培养是检测胃幽门螺旋杆菌的最特异性方法，但由於细菌培养本身技术步骤程式较为繁复，所费时间也较长，虽然特异性最高，但检测阳性率并不高，在加上所需费用较高，故在临床上较为少用。
二、快速尿素脢试验（clotest）
胃幽门螺旋杆菌本身即含有丰富尿素脢，而尿素脢可以分解「尿素」生成「氨」以及「二气化碳」，而「氨」本身属於碱性化合物，可使反应液的pH（酸碱值）值升高，若反应液中含有酚红作为指示剂，则反应液由原来的浅黄色变为粉红色，这就是尿素脢试验的原理。首先经由内视镜检查时采取胃黏膜检体，放入含有尿素以及酚红的试剂中，观察试剂颜色如变红，则为阳性，红色出现越快、越深，又表示胃黏膜内存有胃幽门螺旋杆菌越多。
在临床实务上，快速尿素脢试验的敏感度以及特异性均较高，由於操作简便，所需费用低，现有商品化试剂盒出售，是目前临床常用的检测方法。
三、病理组织学检查
在胃内视镜检查之下，采取黏膜切片后作银染色或HE染色，在显微镜下是否能寻找到特异的胃幽门螺旋杆菌，即可确诊有无胃幽门螺旋杆菌的感染存在。组织切片染色方法是一种较为可靠的方法，也是临床常用确诊的方法之一。
四、同位素尿素呼气试验
基本上是使用同位素标记尿素，口服后测定呼气中标记的二气化碳量，间接反映尿素脢的含量，属非侵袭性胃幽门螺旋杆菌检查方法。根据标记物的不同，可分为13C尿素呼气试验及14C尿素呼气试验。
该试验原理是若胃内有胃幽门螺旋杆菌的存在时，口服含有同位素标记尿素的溶液，而在尿素脢作用下可分解为有标记的二气化碳以及氨，并经胃肠道吸收后随呼吸排出，收集呼出气体，用液体闪烁计数器或用气体核素质谱仪检测标记的二氧化碳，即可计算有标记的二气化碳量，其灵敏度极高；如无胃幽门螺旋杆菌感染，则无同位素标记二气化碳呼出，即呼吸试验为阴性；如阳性则表明有胃幽门螺旋杆菌感染。
同位素标记尿素脢呼气试验（尤其是13C呼气试验），具有可靠、安全、无痛苦优点，特别适於大规模流行病学的研究探讨调查。13C本身是一种较具稳定性的同位素（无放射性辐射伤害），但由於测定步骤较为复杂，费用也比较昂贵，但14C检测费用较低及步骤简单，但有放射性危险性（因14C有少量放射性物质的存在），并不适於孕妇及儿童，况且其半衰期长，易污染外界环境。
五、血清抗胃幽门螺旋杆菌抗体测定（Anti-hp）
个体在感染胃幽门螺旋杆菌后，在体内会发生免疫反应，并产生抗胃幽门螺旋杆菌抗体，而抽取个体血清检查即能测出抗胃幽门螺旋杆菌抗体。
由於胃幽门螺旋杆菌抗体的测定优点是简便、快速、价廉以及无侵袭性；但血清抗体阳性反应并不表示体内就一定正存有胃幽门螺旋杆菌的感染现况，因慢性细菌感染所诱导的抗原—抗体反应时间较长，即胃幽门螺旋杆菌虽已被根除，但血清胃幽门螺旋杆菌抗体消失需要一段时间。至於胃幽门螺旋杆菌感染后，要多久时间血清中才会出现一定滴定度的胃幽门螺旋杆菌抗体，以及胃幽门螺旋杆菌被根除后，血清中抗体需多久时间才会消失，目前尚无共识的结论。
根据临床经历，有效治疗胃幽门螺旋杆菌6～8个星期后，血清胃幽门螺旋杆菌抗体滴定度会开始下降，而在根除胃幽门螺旋杆菌3～6个月甚至一年后，血清抗体滴定度才会呈现明显下降；因此血清抗胃幽门螺旋杆菌抗体测定（Anti-hp）的缺点是不能鉴别诊断过去感染或是正在感染的个体。目前来说血清抗胃幽门螺旋杆菌抗体的测定大多用於胃幽门螺旋杆菌感染的流行病学大规模调查。
由以上得知前三种方法需要采取胃黏膜活检，故属侵袭性诊断方法，而后二种属非侵袭性方法。由於「快速尿素脢试验」以及「同位素尿素呼气试验」的敏感性及特异性均较高，相对的其准确性也较高，较为受到台湾地区胃肠专科医师的建议及使用。
