第四部动画目录
【说明1：以下目录中的斜体部分名词是暂译名[1]】
【说明2：因3.11东日本地震，部分原定播出内容受影响，原第23、24集（火箭队VS等离子队上、下篇）暂未播出，原26集（钓鱼酒侍天桐登场）延迟播映】
合众联盟
BW01.前往合众地方！捷克罗姆的身影!（小智来到合众地区，修帝与艾莉丝登场）
BW02.艾莉丝与牙牙！
BW03.水水獭！黑眼鳄！危在旦夕!（小智得到水水獭）
BW04.对战俱乐部！神秘的神奇宝贝现身!（小智得到暖暖猪）
BW05.三曜道馆!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!（天桐登场）
BW06.梦的遗址！食梦梦与梦梦蚀!（小智得到挑战徽章；艾莉丝与天桐加入）
BW07.藤藤蛇·迷人收服!?（小智收服藤藤蛇）
BW08.火红不倒翁与达摩狒狒！钟塔的秘密！
BW09.蜈蚣王发飙！救出牙牙！
BW10.劲敌对战！强敌轻飘飘
BW11.石居蟹去夺回自己的房子吧！（天桐得到石居蟹）
BW12.破破袋战队与秘密基地（小智得到蛋）
BW13.泡沫栗鼠有洁癖（白露登场）
BW14.七宝市！博物馆大冒险！
BW15.七宝道馆赛！VS道馆训练家?芦荟！
BW16.再次挑战七宝道馆！新绝招爆发！（小智得到基础徽章；水水獭学会喷射水柱；暖暖猪学会火焰袭击）
BW17.蛋中孵出的小霸王！（小智的蛋孵化成滑头小子）
BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!（小智收服虫宝包）
BW19.酒侍对决!石居蟹对双刃丸!
BW20.皮卡丘VS黑眼鳄VS鸭宝宝!（皮卡丘学会电球）
BW21.天之箭桥和歌德小姐!
BW22.飞云市!百足蜈蚣恐慌!（豆豆鸽进化成波波鸽）
BW23.飞云道馆赛！纯情之心的虫系神奇宝贝对战!（小智得到甲虫徽章；虫宝包进化成宝包茧并学会能源球；小次郎得到哭哭面具）
BW24.可爱的脸蛋要注意!被导电飞鼠电到发麻!（艾莉丝得到导电飞鼠）
BW25.导电飞鼠VS藤藤蛇!!交换伏特大混乱!
BW26.烛火鬼大宅的恐怖故事!
BW27.通往龙系大师之道!牙牙VS赤恶龙!
BW28.消失的扇贝贝!水水獭最大的危机!
BW29.恋爱的棉花宝乘着风吧!
BW30.利格雷与不明飞行物体
BW31.劲敌对决！香草冰、筑木小子参战
BW32.震音蟾蜍、玛奇鱼!水边的战斗!（小智收服震音蟾蜍；天桐收服玛奇鱼）
BW33.龙系克星登场!艾莉丝与龙头地鼠!（龙头地鼠学会集气弹）
BW34.滚地球!发射光泽电炮!!（小智收服滚地球）
BW35.侦探酒侍天桐!差不多娃娃失踪事件!!
BW36.化石复活!古代怪鸟古翼龙!!
BW37.钓鱼酒侍天桐登场!【原第26集，内容稍有改动】
BW38.索罗亚电影!神奇宝贝骑士传说!
BW39.全员集合！东之对战
BW??.火箭队VS等离子队（前篇）【原第23集】
BW??.火箭队VS等离子队（后篇）【原第24集】
