两千多年前中国处于战国时期，秦使秦成为战国七雄中最强的，而他吞并六国征途中最顽强的对手是南方的楚国。
公元前222年，秦国派名将王建、率兵60万攻打楚国，以楚国大将项燕为首的项氏也率兵40万迎敌。这场战斗决定了一百万人的生死。项的孙子项也参加了这次战斗，英勇杀敌。
秦楚之战项燕战败被杀后，孙率领的湘军与秦国名将蒙恬的金火骑兵对峙。余韶虽然年轻，但他勇敢而好斗，这使蒙恬刮目相看。蒙恬提到项燕的死讯，激起了余韶的愤怒。与蒙恬展开了激烈的战斗，但仍无法改变项大军被困的局面。就在这时墨家主动提出援助，墨家带领高剑礼、雪女、大锤、贼脚，使项氏族得以撤离。
楚死后一些湘族的残余势力，包括、的叔叔项梁和谋士范增，躲藏在一个山村里。余韶天天苦读兵书，苦练武功，就是为了有一天能反对秦复辟。
公元前221年，秦王政统一天下，建立了秦朝，史称“秦始皇”。政治家“大剑师”盖聂投奔秦国，带着老朋友荆轲的儿子荆逃亡。在与三百名赤军连续作战后，他受了重伤，昏了过去。为了照顾受伤的，田明不小心在森林里点燃了烟花，引来了楚湘族。就在抢的时候，流沙四大天王中排名第四的南朝鲜力士来杀和，还杀了几个挡路的项氏族人。与无与伦比的余韶战斗。余韶不是敌无双，他被抓住了。道恩灵机一动，用一只带火球的烤野鸡救了余韶。当无双再次攻击时，盖聂及时醒来杀死了无双，拯救了所有人。(第一部动画电影中已经修改了剧情。田明、盖聂和余韶的第一次相遇不同于原著动画，另外还加入了新朋友小李和祁祯。详见百度百科词条“秦时明月3D电影长李”。)
湘军立即组织人马带着、逃跑，但“流沙”头目魏忠从留守士兵口中得知了一行的逃跑路线。于是魏昭派“流沙”四王，排名第三的苍狼王继续追击。晚上狼王召唤狼群包围马车，身受重伤的盖聂无法应付。终于黎明又灵机一动，用火狠狠地打了狼王一下。余韶也配合击退了苍狼王。但是盖聂受了重伤，失去了知觉。此时墨家少女高月出现了，带领众人来到镜湖医村，请求墨家“医仙”端木融出手相救。和留在亦庄治疗，同行的项氏率先前往墨家机关城。
在《管风琴城》中，余韶凭借天生的神力赢得了与大锤的比赛，得到了大锤的高度评价。这时田明一行也来到了机关市。羽毛被黎明袭击了。因为墨家秉承的是光明正大的原则，这把大锤不能不教田明。最后雪姑娘出面调解。秦联合“流沙”攻打墨家府衙城，段慕蓉让三人躲进墨家禁地。田明、余韶、月儿在墨家禁地齐心协力，先后通过了险象环生的虎跃、猿飞和龙喉，其中余韶在猿飞中克服了从小恐高的弱点(动画电影中删除了这一设定)。
接下来出现在这三个人面前的是两条不同的路。三人在禁地面临“侠义”与“王道”的抉择，突如其来的危急形势迫使他们分头行动。步入“王道”之室的余韶，面对的是一个棋盘，但这不是一个适合兵家的围棋游戏，而是一个与围棋的棋理相悖的“莫攻棋阵”(原型为黑白棋)。整个棋局瞬息万变，令余韶措手不及。但是余韶终于在战斗中回忆起父亲对自己的鼓励，终于扭转了自己的形式，赢得了棋局，得到了武器“破霸枪”。
余韶走出禁地后，加入了田明和月亮。被偷的足底被流沙一号王白凤追杀，难以脱身。幸运的是三人共同驱动的机关白虎设法牵制住了白凤，成功脱身。但是公输一家之主龚树畴又赶着蛇出现，杀死了三个人。月亮告诉他们，白虎最初是由两个成年人操作的，所以在月亮的指挥下，田明和余韶一起帮助操作白虎。在三人的配合下，最终在石林险胜龚树畴。反秦势力奋力对敌，但还是无力回天。墨家败亡后反秦势力转战齐鲁桑海之地。秦悬赏五万两黄金通缉。
机缘巧合成为大墨家的余韶和田明，在儒教三杰张亮的暗中保护下，逃入儒教小贤庄，假扮儒教弟子，躲避秦军的追捕。余韶很受其他儒生的欢迎，因为他精通文采和武术。
小仙庄的日常饮食，由墨家在坤顶头设立的“油建客栈”供应。通常打杂的石兰负责送饭。余韶在小贤庄发现了石兰偷偷留下的标记，问范增大师这可能是蜀山的暗号。余韶开始对石兰感到好奇。
田明和余韶在桑海城玩，在海边看到了传说中的仙山。这时两人在人群中发现了正流着泪看着仙山的石兰。夜晚宵禁后，桑海城一片寂静。当他们意识到天色已晚，正准备回去时，被秦国和阴阳家发现并追杀。当这两个人走投无路时，他们在一个黑衣男子的带领下摆脱了追踪者，这个人原来是石兰。他们还发现石兰实际上是一个女儿。
经过一夜惊心动魄的逃亡，三人坐在屋顶休息。黎明时分一艘巨大的船，海市蜃楼，突然出现在散落在海面上的雾气中。少和田明在登船队伍中看到了一张熟悉的面孔——在管风琴城之战中被阴阳家俘虏的高月。道恩非常激动，石兰劝他们不要擅自行动。与此同时在桑海各地，各行各业的人物也在关注着海市蜃楼的出现...余韶对石兰越来越好奇，并发现石兰正在给丛林中的某个人送饭。余韶被发现跟踪石兰，但“逆流沙”的杀手，隐藏的蝙蝠，突然出现，准备猎杀他们。就在他们快要死去的时候，一只雌豹背着他们穿过了一条很深的小溪，帮助他们摆脱了隐藏蝙蝠的致命追击。这件事之后两人成了朋友，互相喜欢。石兰告诉余韶，这个怪物就是她的坐骑“小黑”，也是之前给她送过食物的“人”。石兰还告诉余韶，“石兰”是他们的姓，她的名字叫小雨。
一天小黑陷入了一群强盗之中。石兰与强盗作战，但是失败了。余韶及时赶到救了石兰，田明和田明的新朋友随后赶到。这时号角响起，一位身着华丽盔甲的年轻将军出现了，他想和余韶单挑。经过一场惊心动魄的较量后，两人打成平手。澄清了误会原来这位年轻的将军是与余韶从小一起长大的对手兼知己——龙且。龙切余韶汇报了龙腾军团的情况和现状，把军徽交给了余韶，然后带着余韶来到一个山洞，里面赫然摆放着余韶曾经的铠甲——七海龙甲。所有的军士都请求余韶带领他们重振楚国的军事力量。但是余韶对装备不足的老残军心灰意冷，拒绝了士兵们的请求。他背负着国家和家族的恩仇，却拥有着天下所有的力量，却难以施展自己的宏图大志，犹如困于浅滩的巨龙。
