故事叙述继《生化危机5惩罚》3个星期后，唯一的幸存者艾莉丝遭威斯克背叛导致全军覆没。幸存的她遇见人形智能电脑“红后”得知保护伞公司研发了一种能解开一切病毒的解药。但必须在48小时回到恶梦开端的拉昆市，在那里保护伞公司正在集结军队打算给予幸存的反抗者们致命一击。失去超能力的艾莉丝与老友克莱儿等人联手，来对抗其僵尸与新的变种怪物，以守护仅存的希望、拯救人类。正获得解药之际，艾莉丝终于解开自己的身份。
《生化危机6终章》的精彩解析：
1、爱丽丝其实是雨伞公司创始人之一的女儿克隆，创始人A的女儿从小生了一种怪病，衰老速度是正常人的好几倍，为了治愈这种疾病，创始人A研制出了T病毒，治愈了女儿的疾病。但T病毒失控，造成了不可控制的影响。创始人A决定公开真相，但创始人B为了保住公司让威斯克杀死了创始人A，提出了另一个可怕的计划，肃清人类。认为人类的膨胀终有一天会毁灭地球，不如在这之前保留住一些合适人选然后毁灭人类。等肃清人类之后资源和设施还在，再把这些合适人选解冻，散步T病毒的抗体，让所有感染T病毒的生物全部死亡，从而统治地球。所以整个生化危机其实都是这个计划，T病毒的抗体一直都在雨伞公司的地下堡垒里保存着；
2、红女王其实就是创始人A女儿的形象，也就是爱丽丝小时候的样子。而真身已经是90多岁的形象，并且是雨伞公司50%股份的持有者。在第六部里全世界只剩下4000多人了，而雨伞公司里还保存了上千干部的冷冻体。剧情就是红女王联络了爱丽丝，告诉了有T病毒的抗体在雨伞公司地下，让她在48小时内取到散步到大气里，就可以拯救人类；
3、红女王的目的是拯救人类，控制病毒。创始人B的目的是毁灭人类，和红女王一开始的初衷背道而驰。但红女王不能违背创始人的命令，也不能杀死雨伞公司的员工(创始人的命令除外)，最后一个场景创始人A的女儿对威斯克说了句你被解雇了，红女王毫不犹豫的切掉了威斯克的腿。这段感觉是致敬机械战警。
