主要区别是科目分类不同、形态特征不同、生活习性不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、仓鼠
仓鼠属啮齿目、鼠形亚目、仓鼠科、仓鼠亚科动物。
2、老鼠
老鼠属啮齿目、鼠形亚目、鼠科、鼠亚科动物。
二、形态特征不同
1、仓鼠
体型短粗体重30～1000克。尾部长度一般是体长的一半，无鳞，上覆密毛，少数种类（如沙漠小仓鼠）则很短，不及后足的一半。尾毛色差异较大，一般为灰色、灰褐或沙褐色，原仓鼠毛色比较鲜艳，背部红褐色，腹部黑。长而厚的毛皮。背面上是灰色的，粉红色的浅黄色，浅棕色或红棕色，在腹面上是白色，灰色或黑色。
2、老鼠
体形有大有体色以灰、褐色为主，身体呈锥形、无犬齿，门齿与前臼齿或臼齿间有间隙、门齿发达、无齿根、终生生长。
三、生活习性不同
1、仓鼠
栖息于草原、农田、荒漠、山麓及河谷的灌丛，农田，花园和果园中，偶尔也进入房舍。可以在高达3，600米的海拔找到仓鼠。食性广泛有储存食物的习性。主要以植物种子为食，兼吃植物嫩茎和叶，果实，偶尔也吃昆虫。仓鼠不冬眠冬季靠吃贮存的食物生活。
2、老鼠
老鼠来无影去无踪，从来不与人打照面。它们的嗅觉很灵敏，尤其对人的气味更是熟悉。只要一闻到便远远地避开。老鼠夜间出来活动，白天藏匿。智商高：相当机灵，非常灵活且狡猾，老鼠生命力旺盛、数量繁多并且繁殖速度极快，适应能力很强，几乎什么都吃，在什么地方都能住。老鼠的食性很杂，爱吃的东西很多，几乎人们吃的东西它都吃，酸、甜、苦、辣全不怕，但最爱吃的是谷物类、瓜子、花生和油炸食品。
