《神秘代码》的结局是人类全部灭绝了，除了男主的儿子和女主的女儿。
影片中男主的儿子和女主的女儿，被天使选中，天使将他们带到了有智慧树的伊甸园。而男主和其他人全部灭绝了，因为男主从一开始不信奉圣经，不信奉天主，而两个小朋友反而是天主的信徒，所以最终他们才会被天使选中，带到了天国被神拯救。
剧情简介
1959年，美国马塞诸塞州列辛顿威廉道斯小学，该校即将迎来校庆日，小女孩露辛达·安伯利（LaraRobinson饰）提出的创意为校长所采纳。校庆日时学生们将画下自己对未来的设想，并集中放入金属时间囊中埋入地下，准备50年后重新开启。校庆日之后举止怪异的露辛达用鲜血在墙上写下奇怪文字，并向老师提出警告。
2009年，威廉道斯小学再次迎来校庆日，被埋藏地下50年之久的时间囊重见天日。小男孩凯勒（ChandlerCanterbury饰）得到露辛达的信，上面没有任何图画，整页布满毫无规律可言的数字。
凯勒的父亲约翰（NicolasCage饰）夜晚研究这些数字，竟发现这是一组具有预言性的密码。文中的数字清楚记录了世界上过去50年所发生的各种灾难。除此之外这组数字还包括了接下来将发生的重大灾难。
